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[综合交流] 关于OTF-体系里添加一个Zn2+初始态结构位置的摆放问题

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这篇文献提到了含Zn2+和不含Zn2+两个体系的LUMO能量,现在想做一个类似的体系,我想请教一下各位老师,在OTF-这个体系里再添加一个Zn2+的话,Zn2+的位置摆放有什么要求吗?

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发表于 Post on 2022-11-17 03:47:31 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-11-11 13:14
sob老师我在确定了初始结构之后进行了结构优化,但是优化后的结构非常奇怪,环状结构被完全破坏了,这是 ...

除了赝势的问题以外,还要注意必须做显式溶剂化,Zn的第一配位层必须用溶剂分子和/或抗衡离子配满,因为SMD等隐式溶剂模型不能正确描述金属的第一配位层的溶剂,尤其是+2价及以上的金属
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2022-11-17 01:50:54 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-11-16 10:49
sob老师,这是我的gif文件,请问哪里写的不对,麻烦sob老师了
# opt freq b3lyp/genecp scrf=(smd,solve ...

分清楚gif和gjf
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2022-11-16 11:10:14 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 冰释之川 于 2022-11-16 11:12 编辑
xiaobai1 发表于 2022-11-16 10:49
sob老师,这是我的gif文件,请问哪里写的不对,麻烦sob老师了
# opt freq b3lyp/genecp scrf=(smd,solve ...

# opt freq b3lyp/genecp scrf=(smd,solvent=water) em=gd3bj

Title Card Required

2 1
O                 -0.86776858    0.96074379    0.00000000
C                 -1.94476858    0.03974379   -0.02400000
O                 -2.87676858    0.92874379    0.57200000
C                 -2.81576858    2.07374379   -0.24800000
C                 -1.35776858    2.07874379   -0.69000000
H                 -1.74076858   -0.82325621    0.64600000
H                 -2.23176858   -0.26025621   -1.05400000
H                 -3.52076858    1.95374379   -1.10100000
H                 -3.09676858    2.96374379    0.35900000
H                 -0.79476858    2.98074379   -0.36100000
H                 -1.23076858    1.91974379   -1.78500000
Zn                -1.45976858    1.41474379    2.33000000

C H O 0
6-31+g(d,p)
****
Zn 0
SDD

****

Zn 0
SDD





参考《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-16 10:49:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-11 20:41
基组或者赝势没正确设置

sob老师,这是我的gif文件,请问哪里写的不对,麻烦sob老师了
# opt freq b3lyp/genecp scrf=(smd,solvent=water) em=gd3bj

Title Card Required

2 1
O                 -0.86776858    0.96074379    0.00000000
C                 -1.94476858    0.03974379   -0.02400000
O                 -2.87676858    0.92874379    0.57200000
C                 -2.81576858    2.07374379   -0.24800000
C                 -1.35776858    2.07874379   -0.69000000
H                 -1.74076858   -0.82325621    0.64600000
H                 -2.23176858   -0.26025621   -1.05400000
H                 -3.52076858    1.95374379   -1.10100000
H                 -3.09676858    2.96374379    0.35900000
H                 -0.79476858    2.98074379   -0.36100000
H                 -1.23076858    1.91974379   -1.78500000
Zn                -1.45976858    1.41474379    2.33000000

C H O 0
6-31+g(d,p)
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发表于 Post on 2022-11-11 20:41:53 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-11-11 20:14
sob老师我在确定了初始结构之后进行了结构优化,但是优化后的结构非常奇怪,环状结构被完全破坏了,这是 ...

基组或者赝势没正确设置
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本帖最后由 xiaobai1 于 2022-11-11 20:16 编辑
sobereva 发表于 2022-11-6 15:29
构型搜索可以molclus+genmer,看下文里的例子
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超 ...

sob老师我在确定了初始结构之后进行了结构优化,但是优化后的结构非常奇怪,环状结构被完全破坏了,这是我优化前后的结构,我用的关键词是opt+freq,请问这样有什么问题吗C:\Users\fpd\Desktop\1.pngC:\Users\fpd\Desktop\2.png

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发表于 Post on 2022-11-6 15:29:14 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-11-6 13:29
嗯嗯好的,请教一下 这个关键词是用opt+freq吗

构型搜索可以molclus+genmer,看下文里的例子
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
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发表于 Post on 2022-11-6 15:23:51 | 只看该作者 Only view this author
xiaobai1 发表于 2022-11-6 06:29
嗯嗯好的,请教一下 这个关键词是用opt+freq吗

构型搜索的方法参见http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-6 13:29:11 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2022-11-5 15:25
如果Zn2+可能的结合位点只有一个,或者只有少数几个且可以手动穷举,那就把所有可能的位点都试一遍,取自由 ...

嗯嗯好的,请教一下 这个关键词是用opt+freq吗

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发表于 Post on 2022-11-5 15:25:25 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 wzkchem5 于 2022-11-5 08:26 编辑

如果Zn2+可能的结合位点只有一个,或者只有少数几个且可以手动穷举,那就把所有可能的位点都试一遍,取自由能最低的。

如果明显有很多可能的结合位点,且无法手动穷举,那么必须通过构型搜索确定,构型搜索自动帮你找到最优的位置。此时不能手动摆
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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