求助：能量最小化时提示gro文件与top文件原子数不匹配

zwl · 发表于 Post on 2022-11-8 23:01:29

进行UNK与etoh的混合模型构建，加入100个UNK，6300个etoh，以及2700个tip4p水分子，能量最小化提示gro文件与top文件原子数目不匹配，top文件原子数目比gro文件原子数目多，检查gro文件发现原子顺序没有问题，检查top文件也没发现问题，也将include的itp文件中的原子数目检查了一遍，unk原子数为28，etoh原子数为9，tip4p为4，总共为70300个原子，gro文件是70300，但运行报错给出top文件原子数为70477，不知道多出来的哪里来的，自己也没发现问题，还请各位大佬指教下，谢谢

zwl · 发表于 Post on 2022-11-9 21:32:31

IamHK 发表于 2022-11-9 09:18
你把eto UNK it文件里面 [ system] [molecules ] 内容去掉

非常感谢您的帮助，问题已解决，谢谢

zwl · 发表于 Post on 2022-11-9 20:56:43

IamHK 发表于 2022-11-9 09:18
你把eto UNK it文件里面 [ system] [molecules ] 内容去掉

谢谢，我先去试一下

IamHK · 发表于 Post on 2022-11-9 09:18:48

你把eto UNK it文件里面 [ system] [molecules ] 内容去掉

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求助：能量最小化时提示gro文件与top文件原子数不匹配