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[GROMACS] 求助:如何修改.pdb文件中原子名使其和.rtp中一致

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各位老师好,我在使用pdb2gmx产生拓扑文件时报错,说在rtp文件残基中找不到.pdb文件中的原子。我修改原子名称(将.pdb文件中HB3改为HB1)后可以正常产生拓扑文件,但是怎么才知道我修改后的名称与rtp中是一一对应的呢?

aminoacids.rtp

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5oqv.pdb

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3#
发表于 Post on 2023-2-6 20:09:53 | 只看该作者 Only view this author
请问一下,我用namd生成甲醇的psf文件,对应的拓扑文件名称怎么改呀

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2#
发表于 Post on 2022-11-16 22:37:28 | 只看该作者 Only view this author
有标准命名规则


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