ONIOM怎么对L层指定原子电荷

15whyhq · 发表于 Post on 2016-5-27 09:06:50

本帖最后由 15whyhq 于 2020-1-11 14:21 编辑

我想问：这是我之前用uff算低层，用DFT算H层，L层没有指定电荷的输入输出文件，我现在要指定L层的原子电荷，我应该怎么做

ficlerlin · 发表于 Post on 2017-1-5 18:21:10

这个帖子不光体现了sob老师的学识渊博，更体现了他的大师风范，有问必答，有耐心。

小范范1989 · 发表于 Post on 2016-12-23 10:45:14

呼呼呼，终于看完楼主的这个帖子了。我是在群里咨询了ONIOM的问题，sob老师给了回复指点，不太理解，然后查资料，看到了这个帖子。
看完了，有帮助，sob老师回复很仔细，关键是很有耐心。但是，看的我都没有耐心了，忍不住吐槽一下。
1：师傅领到门，巧妙在个人。遇到问题，问别人很好，但是不能这样无休止的问下去，老师是给你指点，解决问题还是需要自己来解决的。
2：楼主的帖子，除了楼主和sob，还有一个回复的，就是希望楼主能有这些问的时间，来查查资料，学习一下。但是，楼主没有听取，还在问。
3：最后不得不说，sob老师真的很有耐心，真的真的。我都看得不耐烦了，哪有这样问的？感觉心里憋火，所以，我才来吐槽一下哈。

看完这个帖子收获很多，不仅是知识，还有一些其他的。个人见解。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-11-25 11:17:10

固定高层优化低层的时候优化了十几次，一直出现这个错误，怎么解决？谢谢
Error imposing constraints
Error termination via Lnk1e in /vol6/home/hn_zjl/software/Gaussion09/g09B01/l103.exe

sobereva · 发表于 Post on 2016-11-16 19:40:23

15whyhq 发表于 2016-11-16 19:29
我用oniom方法进行优化构型以及寻找过渡态的关键词如图所示，帮忙看下我的关键词有没有什么问题，谢谢！

无
优化极小点的opt里写noeigentest完全多余

15whyhq · 发表于 Post on 2016-11-16 19:29:19

我用oniom方法进行优化构型以及寻找过渡态的关键词如图所示，帮忙看下我的关键词有没有什么问题，谢谢！

15whyhq · 发表于 Post on 2016-11-1 21:25:27

老师，我想问下，ONIOM计算时低层使用amber力场时，指定原子电荷时手动给相应的原子指定原子电荷，我不知道这原子电荷可不可以使用MD模拟的时用resp电荷模型中的HF/6-31G计算得到的原子电荷？
是不是不同的方法计算得到的原子电荷不一样？我用ONIOM计算高层的方法是b3pw91/6-31g(d,p)与计算原子电荷的方法不一样，所以我想知道怎么解决低层用amber力场时怎么得到可以指定的原子电荷？我用oniom计算的初始构型是通过MD模拟得到的。
谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-31 11:40:25

15whyhq 发表于 2016-10-31 09:57
geom=connectivity 在高斯说明书里面我只看到这个关键词是用来表达原子之间的连接关系。我不明白低层用 ...

用力场计算必须知道原子之间是怎么相连的，否则没法确定原子类型

15whyhq · 发表于 Post on 2016-10-31 09:57:55

geom=connectivity 在高斯说明书里面我只看到这个关键词是用来表达原子之间的连接关系。我不明白低层用力场时为什么要定义连接关系？
老师可以帮忙解释下吗？谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-30 08:45:52

15whyhq 发表于 2016-10-29 20:54
我这个输入文件哪有问题？为什么在GaussView里打不开？

诸如H-H_ _0.095897根本不规矩
元素、原子类型、电荷之间用横线分割。不能有莫名其妙的空格。

sobereva · 发表于 Post on 2016-10-30 08:42:40

15whyhq 发表于 2016-10-25 17:18
当有化学反应发生时，QM 区电荷分布会发生变化，在处理静电相互作用中，用固定原子点电荷描述是不准确的。
...

就是指使用的原子电荷不随反应过程的构型/构象的改变而改变，一套电荷从头用到尾。然而原子电荷必定依赖于化学环境，所以固定点电荷有时会有问题，甚至可能严重。

15whyhq · 发表于 Post on 2016-10-29 20:54:10

我这个输入文件哪有问题？为什么在GaussView里打不开？

15whyhq · 发表于 Post on 2016-10-25 17:18:37

当有化学反应发生时，QM 区电荷分布会发生变化，在处理静电相互作用中，用固定原子点电荷描述是不准确的。
我想知道固定原子点电荷是什么意思？怎么做的？
谢谢!

15whyhq · 发表于 Post on 2016-10-19 09:51:07

还有个问题低层用Dreiding方法时，所有的输入文件是不是跟低层用UFF方法时的一样？低层用Dreiding方法得指定原子电荷，是不是也是用QEq电荷？
谢谢！

15whyhq · 发表于 Post on 2016-10-19 09:09:19

为什么低层用UFF时没有使用QEq与使用QEq优化完后构型相差那么多，用QEq后环氧化物与离子液体相距那么远，环氧化物直接从离子液体中间跑到边上去了还隔那么远。两个作业都正常结束。谢谢！

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