多次MSD的计算后扩散系数的确定的问题

果果123

想和实验上的扩散系数的计算值进行比对  根据实验细节，选用60×60×60的盒子 放1个多金属氧酸盐 100个四丁基六氟化磷酸氨 1650个乙腈分子（为了和实验比对，只放置了一个溶质分子）   上述溶质拓扑文件均使用sobtop生成，乙腈分子使用全原子模型
   经过 10ps 能量最小化 + 500ps NVT（溶质固定）+250ps NVT+ 500ps NPT+ 10nsNVT  （考虑到只有一个溶质分子 模拟时间尽可能长了一些）
       绘制其 MSD的图像如下                                         
   问题1：之前看到了sob老师的帖子，应当尽量取中间的平直部分进行拟合，但是在这几条曲线中，只在起点位置处有一定的重合，这种情况是否可以？
   问题2：对于起点位置的拟合部分，并不是所有的都在这条拟合线上，应当如何取舍？（将图片放大后 有四条线在上面的拟合直线上 有两条线在下面的拟合直线上）
   问题3：如果要分别计算各自的平直部分，最后取平均值，是否必须要取相同的时间范围？

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sobereva 发表于 2022-11-18 02:20
原理上模拟次数越多统计误差越小，可以做结果随模拟次数的收敛性测试，直到满意。每次模拟时间相同

好滴 明白了 感谢sob老师

sobereva

果果123 发表于 2022-11-17 19:27
好的 感谢sob老师回帖 我这就去试一下  我还有一个问题就是 对于这种体系中只有一个分子的情况需要模拟多 ...

原理上模拟次数越多统计误差越小，可以做结果随模拟次数的收敛性测试，直到满意。每次模拟时间相同

果果123

sobereva 发表于 2022-11-17 19:12
对多次模拟的MSD曲线取平均后再拟合，曲线往往会更平直，并由此减少拟合误差

好的 感谢sob老师回帖 我这就去试一下  我还有一个问题就是 对于这种体系中只有一个分子的情况需要模拟多少次才算充分？模拟时间的话 是否也是需要多次模拟不同的时间 看起数值相应的变化？

sobereva

对多次模拟的MSD曲线取平均后再拟合，曲线往往会更平直，并由此减少拟合误差