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[GROMACS] 请问为什么Gromacs计算的RMSD出现跳崖的现象?

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您好,我在利用Gromacs计算淀粉和小分子的分子动力学模拟时,最后计算小分子的RMSD出现下图的现象,请问这个是由于什么原因造成的啊,有什么办法解决嘛?

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发表于 Post on 2022-12-2 08:44:40 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2022-12-2 08:18
老师,因为轨迹文件比较大,应该怎么上传啊

谁让你上传了,自己分析。

而且世界上有个东西叫网盘
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-2 08:18:11 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-2 02:47
RMSD的数据是对当前轨迹特征的反映,但凡RMSD出现什么特殊的情况,必然要自己观看轨迹、在搞清楚RMSD计算 ...

老师,因为轨迹文件比较大,应该怎么上传啊

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发表于 Post on 2022-12-2 02:47:46 | 只看该作者 Only view this author
xjw 发表于 2022-12-1 21:29
老师,我看了一下我的轨迹,但是分子并没有出现跳出盒子的现象,请问这是为啥啊

RMSD的数据是对当前轨迹特征的反映,但凡RMSD出现什么特殊的情况,必然要自己观看轨迹、在搞清楚RMSD计算公式的前提下分析是什么导致的。别人又没你的轨迹,不可能具体帮你分析
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-1 21:29:20 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-18 02:10
用VMD看轨迹,把盒子边框显示出来,结合下文里RMSD突跃的说明搞清楚原因
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否 ...

老师,我看了一下我的轨迹,但是分子并没有出现跳出盒子的现象,请问这是为啥啊

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-11-18 08:16:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-11-18 02:10
用VMD看轨迹,把盒子边框显示出来,结合下文里RMSD突跃的说明搞清楚原因
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否 ...

收到,谢谢老师

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发表于 Post on 2022-11-18 02:10:50 | 只看该作者 Only view this author
用VMD看轨迹,把盒子边框显示出来,结合下文里RMSD突跃的说明搞清楚原因
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html
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