已解决：调整轨迹无法将两条多肽居中

wyfgg · 发表于 Post on 2022-11-23 18:13:56

本帖最后由 wyfgg 于 2022-11-24 13:36 编辑

各位老师好，我目前在做一个由两条多肽链AB组成的蛋白-配体MD，这个蛋白在实际上会自然分裂为A和B两个链。
1、盒子最初设置为10埃，在轨迹中发现B链突然跑到A链左边，考虑到是周期性问题，但是使用-pbc cluster也无法保持正确的位置
2、之后参考http://sobereva.com/627，将md.mdp中加入comm-grps = protein和comm-mode = angular，依然存在位置突然变化的问题
3、最后将盒子扩大到30埃，居然还存在这个问题。。。

请问这样的话，轨迹该如何处理？谢谢各位老师

wyfgg · 发表于 Post on 2022-11-24 13:36:43

sobereva 发表于 2022-11-24 02:13
先用-pbc nojump得到两条链埃在一起的轨迹，再用-pbc cluster处理或者-center令蛋白质部分居中

谢谢Sob老师，已经解决

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-24 02:13:38

先用-pbc nojump得到两条链埃在一起的轨迹，再用-pbc cluster处理或者-center令蛋白质部分居中

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