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[新手求助] 怎样构建氧化石墨烯和二氧化硅的分子构型

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本帖最后由 HERO 于 2016-5-29 21:26 编辑

各位大侠,在看到文献中氧化石墨烯和二氧化硅的构型,如图,怎样才能在绘图软件Gv或DSviewpro中等软件中构建出合理的构型?即单双键怎样选择才能与文中相一致, 最好是用xyz坐标显示出来。

QQ截图20160529102556.jpg (36.28 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

图1

图1

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发表于 Post on 2021-10-25 19:58:09 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-10-25 12:43
老师,实验文章给出了下面这样的一个分子结构式,我现在想对其进行优化,但是不知道该结构如何绘制,在ga ...

建议找一本金属有机教材,看一下pi配合物有关章节
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-10-25 19:43:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-30 09:26
是。
但要弄清楚文献具体怎么搞的,是否下面还有SiO2只不过截图中截掉了。光是取这么点SiO2就计算边界效 ...

老师,实验文章给出了下面这样的一个分子结构式,我现在想对其进行优化,但是不知道该结构如何绘制,在gaussview中进行建模时,Ag离子应该如何放置,谢谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-30 09:38:48 | 只看该作者 Only view this author
zyj19831206 发表于 2016-5-30 07:14
你这是Maps 界面吧?

我的图二是找别人查的,ADK做的。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-30 09:36:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-30 09:26
是。
但要弄清楚文献具体怎么搞的,是否下面还有SiO2只不过截图中截掉了。光是取这么点SiO2就计算边界效 ...

好的哈 我再看下文献内容,主要是看不懂,看怎样更能说明问题。谢sob。

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发表于 Post on 2016-5-30 09:26:55 | 只看该作者 Only view this author
HERO 发表于 2016-5-30 09:25
谢谢sob 对晶体这块咋没接触过 红色的是氧,黄色的是硅吗? 按照石英晶型怎样参照图一中的C和D取出一个片 ...

是。
但要弄清楚文献具体怎么搞的,是否下面还有SiO2只不过截图中截掉了。光是取这么点SiO2就计算边界效应太明显。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-30 09:25:21 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-5-30 01:02
SiO2有多种晶型,你找的这个是Stishovite晶型,在很高压下才有,拿这个建模没意义

常见的诸如石英晶型是 ...

谢谢sob 对晶体这块咋没接触过 红色的是氧,黄色的是硅吗? 按照石英晶型怎样参照图一中的C和D取出一个片段出来进行理论计算? 如下图可以不,谢谢:

QQ截图20160530092631.jpg (47.72 KB, 下载次数 Times of downloads: 52)

图三:理论计算的简易构型

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发表于 Post on 2016-5-30 07:14:33 | 只看该作者 Only view this author
你这是Maps 界面吧?

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发表于 Post on 2016-5-30 01:02:02 | 只看该作者 Only view this author
SiO2有多种晶型,你找的这个是Stishovite晶型,在很高压下才有,拿这个建模没意义

常见的诸如石英晶型是这样

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-5-29 20:18:28 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 HERO 于 2016-5-29 21:30 编辑
sobereva 发表于 2016-5-29 19:31
图呢?
传图方式看指定的新人必读
二氧化硅能找到现成的cif文件,用不着自己画

谢谢sob  我找人帮查了二氧化硅的cif文件,还是没看明白。一个Si原子上面应该是连接4个氧原子,成锥形结构,硅原子在核心,但是在cif文件中一个Si连了三个氧,怎样看图,理解? 具体是怎样画图图一中(C和D)二氧化硅的比较合理的构型。另外,图一A和B中,氧化石墨烯不应该是C-O-C的外桥键吗?文献中给出的直接加入的苯环中了,外接的C-O键是不是应该是C=O键? 谢谢

QQ图片20160529212207.jpg (32.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 63)

图二:二氧化硅.cif

图二:二氧化硅.cif

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发表于 Post on 2016-5-29 19:31:12 | 只看该作者 Only view this author
图呢?
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二氧化硅能找到现成的cif文件,用不着自己画
DSviewpro主要是看生物体系的,并不适合此目的
没有GW这程序,只有gview,简写为GV
单双键设置没有意义,量化计算结果只看原子坐标,而完全无视你在可视化程序里设的单双键
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