gmx的grompp命令中提示PME mesh为nan

rugals · 发表于 Post on 2022-11-28 21:55:22

本帖最后由 rugals 于 2022-11-28 22:17 编辑

gmx模拟一个30W原子的聚合物体系，初始结构由packmol生成，盒子大小为200nm。
无论是做能量最小化还是跑NPT系综的MD，在grompp过程中都会提示PME mesh的预估计算量为nan。

以下为mdp中和邻居列表相关的关键字：
; neighbor list generation
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = PME
rcoulomb    = 1.0
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.0
DispCorr    = EnerPres

以下为gmx grompp命令输出的最后几行：
Analysing residue names:
There are:  1350    Other residues
Analysing residues not classified as Protein/DNA/RNA/Water and splitting into groups...
Number of degrees of freedom in T-Coupling group System is 760647.00

The largest distance between excluded atoms is 0.405 nm

Determining Verlet buffer for a tolerance of 0.005 kJ/mol/ps at 298.15 K

Calculated rlist for 1x1 atom pair-list as 1.000 nm, buffer size 0.000 nm

Set rlist, assuming 4x4 atom pair-list, to 1.000 nm, buffer size 0.000 nm

Note that mdrun will redetermine rlist based on the actual pair-list setup
Calculating fourier grid dimensions for X Y Z
Using a fourier grid of 1728x1728x1728, spacing 0.116 0.116 0.116

Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: nan

就这个nan导致无论做能量最小化还是跑分子动力学，都会在最初就提示内存不足而终止运行。

请问如何解决这个问题？

rugals · 发表于 Post on 2022-12-2 12:48:32

sobereva 发表于 2022-11-29 05:58
内存不够当然是把体系往小了改，怎么能改大

盒子越大越耗计算资源。我想你模拟的应该不是气体，而是聚集 ...

谢谢sob老师，已解决！

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-29 05:58:34

内存不够当然是把体系往小了改，怎么能改大

盒子越大越耗计算资源。我想你模拟的应该不是气体，而是聚集状态，这种情况应当用小盒子并把盒子填致密了

rugals · 发表于 Post on 2022-11-29 00:14:32

sobereva 发表于 2022-11-28 23:47
盒子边长200nm？也太大了
上传压缩后的结构文件

structure.rar (3.45 MB, 下载次数 Times of downloads: 1)

一开始用的是60nm边长的box，提示该错误，我以为是盒子不够大故改为了200nm，仍然有该问题。
麻烦sob老师！

sobereva · 发表于 Post on 2022-11-28 23:47:51

盒子边长200nm？也太大了
上传压缩后的结构文件

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] gmx的grompp命令中提示PME mesh为nan