求助Amber如何消除蛋白的平动和转动

亚切ss · 发表于 Post on 2022-12-2 10:46:31

大佬们好，纯新人，Amber22进行蛋白和小分子配体之间的NVT模拟时发现蛋白会跑出水盒，请教应该如何改善这个问题，最好是能详细一些，感谢大家

附上正式模拟的文件

溴麝香草酚蓝. · 发表于 Post on 2025-8-16 11:16:39

casea 发表于 2022-12-3 09:04
cpptraj 导入轨迹之后 autoimage

请问autoimage怎么操作呢

亚切ss · 发表于 Post on 2022-12-3 12:45:28

casea 发表于 2022-12-3 09:04
cpptraj 导入轨迹之后 autoimage

十分感谢您的解答，这样确实有所改善

casea · 发表于 Post on 2022-12-3 09:04:07

亚切ss 发表于 2022-12-3 04:07
十分感谢您的耐心解答，可能是我的描述不够准确，我现在遇到的问题是模拟中蛋白和配体会有跨越周期性边界 ...

cpptraj 导入轨迹之后 autoimage

亚切ss · 发表于 Post on 2022-12-3 04:07:55

Frozen-Penguin 发表于 2022-12-2 20:15
准备好轨迹文件（下面记为trj）和参数文件（下面记为prmtop），用cpptraj读取

然后使用align消除平动转 ...

十分感谢您的耐心解答，可能是我的描述不够准确，我现在遇到的问题是模拟中蛋白和配体会有跨越周期性边界的问题，因此我想在模拟中消除蛋白的整体运动，请问这种情况应该怎么解决呢？

Frozen-Penguin · 发表于 Post on 2022-12-2 20:15:13

本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-12-2 20:16 编辑

准备好轨迹文件（下面记为trj）和参数文件（下面记为prmtop），用cpptraj读取

复制代码

然后使用align消除平动转动（如果有跨越周期性边界的情况要在消除平动转动之前处理）

复制代码

这样操作就可以消除1-200号残基的C-alpha原子的平动转动
最后把结果保存

复制代码

cpptraj中的指令输入之后再输入go或者run才会执行

复制代码

更多用法可以用help+命令的方式查看，例如

复制代码

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