RTX3090/Tesla A100/Tesla V100跑gromacs MD的小测试

rugals

在某超算上申请了几个GPU节点，因此顺便就做了三种不同GPU节点的gromacs跑MD的速度测试。
节点1:
CPU: AMD EPYC 7002 2.6GHz 128核
内存: 512G
GPU: 8块RTX3090, 每块显存24G 每块最多用16核和60G内存。

节点2：
CPU: Intel Xeon 8255C 2.5GHz 80核
内存: 320G
GPU: 8块Tesla V100, 每块显存32G 每块最多用10核和40G内存。

节点3：
CPU: Intel Xeon Gold 8358 2.6GHz 64核
内存: 512G
GPU: 4块Tesla A100, 每块显存40G 每块最多用16核和128G内存。

测试算例为无共轭的简单寡聚物体系，原子数32W。步长2fs，跑10ns的NPT(500W步)，约束氢相关的键。
计算时全都只用单卡，CPU核数和内存使用单卡最大限定值。进程=1，线程=单卡CPU核数限定值。nb和pme使用GPU计算。

测试结果：
节点1 R卡用时9小时23分，25.5ns/day

节点2 V卡用时17小时，14.1ns/day

节点3 A卡用时7小时48分，30.7ns/day


总结：A100最快，V100最慢。A100速度是V100二倍还多。RTX3090比A100稍慢。
但考虑卡时单价，A100几乎是RTX3090的2倍。因此性价比还是R卡最高。

比较有意思的是V100居然比RTX慢这么多，我有点接受不能。
应该是配套cpu和核数的原因？但按照http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=36081的建议，单卡10核应该是比较好的选择。
此外值得一提的是，A卡的利用率在50-70%之间，而其它两卡的利用率一般只有30-50%。

我本人是个显卡小白，希望来(几)个大佬来评判一下。(我可能发错区了，如是麻烦sob大大移动一下)
我的运行命令如下，是否还有速度提升空间?(比如-update什么的)
gmx mdrun -v -deffnm XXX -ntmpi 1 -ntomp [单卡最大核数] -nb gpu -pme gpu

rugals

Entropy.S.I 发表于 2022-12-2 16:20
自行对比-bonded gpu -update gpu和-update gpu的速度。

前者是GPU-resident模式，以你的硬件资源和模 ...

谢谢老师指点！

发帖太快忘了写，用的2022.2版本

Entropy.S.I

rugals 发表于 2022-12-2 16:00
谢佬，我也觉得这个速度较坛子里其他的评测慢很多。
模型是1千多个原子数从100-400不等的简单聚乙烯寡聚 ...

自行对比-bonded gpu -update gpu和-update gpu的速度。

前者是GPU-resident模式，以你的硬件资源和模型特点，我预计GPU-resident模式更快。

正确指定-pin on -pinoffset * -pinstride 1 -nt * -gpu_id *以充分利用所有CPU、GPU资源。

最后，你没说用的GMX是哪个版本，反正目前推荐2021.6

rugals

Entropy.S.I 发表于 2022-12-2 14:44
极其不严谨的测试，不同CPU下跑GMX的GPU benchmark没什么意义。仔细看性能翻倍？RTX4090科学计算之经典MD模 ...

谢佬，我也觉得这个速度较坛子里其他的评测慢很多。
模型是1千多个原子数从100-400不等的简单聚乙烯寡聚链，用packmol生成。
cut-off 的rcolumb和rvdw都是1.0

请问您觉得这三个节点都需要用GPU-resident模式吗？-bond和-update用哪个更好些？或者都用？

Entropy.S.I

极其不严谨的测试，不同CPU下跑GMX的GPU benchmark没什么意义。仔细看性能翻倍？RTX4090科学计算之经典MD模拟全面测试

另外，没有说清楚所用模型的具体参数。但是，按你已经给出的参数，以及对应的GPU占用情况，显然没有发挥出GPU最佳性能。AMD Ryzen R9 5950X + NVIDIA GeForce RTX 3080Ti（OC 100MHz，400W）的硬件组合模拟上文中A模型（此模型参数可能与你所用的模型接近）可达到71ns/d。

最后提示一下，你给的mdrun运行命令

gmx mdrun -v -deffnm XXX -ntmpi 1 -ntomp [单卡最大核数] -nb gpu -pme gpu

不是GPU-resident模式，成键项是在CPU上计算的。