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[综合交流] 做分子动力学模拟用哪些软件好?

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我是个初学者,刚接触分子动力学模拟,想问一下各位老师哪个软件做MD好点?针对几十个原子的有机分子。今天看到下面这种图,想知道是用什么做的?希望大家赐教。。。

QQ截图20160531221027.jpg (67.51 KB, 下载次数 Times of downloads: 45)

QQ截图20160531221027.jpg

QQ截图20160531221043.jpg (56.76 KB, 下载次数 Times of downloads: 36)

QQ截图20160531221043.jpg

QQ截图20160531221051.jpg (226.83 KB, 下载次数 Times of downloads: 44)

QQ截图20160531221051.jpg

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2#
发表于 Post on 2016-5-31 23:05:28 | 只看该作者 Only view this author
看你用什么力场,什么环境下计算
对精度要求不是很高,用gromacs就可以
如果要求高,可以用诸如tinker,支持MMFF94这样精度更高的有机分子力场,不过这类力场不那么适合溶剂相模拟
如果你图省事,可以用带有图形界面的程序,比如Chem3D,就支持MM2、MMFF94力场的分子动力学,用起来极为容易,读取结构后点几下鼠标就能跑,但是高级一点的功能都没有。还有sybyl、Material studio里的forcite等程序也都是有图形界面的分子动力学程序,跑起来容易,但都是收费很贵的。

第一个图就把话题扯远了,NEB是找能量极小路径的方法,一般动力学程序都不支持,OM2/MRCI也是量化范畴的方法。第二个图没说清楚含义。最后一个图你跑出MD轨迹就能直接统计出来,用origin作图即可。
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