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[Amber] 求助mmpbsa.py计算报错

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楼主
各位老师们好,我用amber的mmpbsa.py计算结合自由能,但似乎mmpbsa导入模块就出错了,但是我之前安装amber20时测试没有问题,而且md运行也没有问题。
报错信息如下:
MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o FINAL_RESULTA_MMPBSA.dat -sp solvated.prmtop -cp com.prmtop -rp pro.prmtop -lp lig.prmtop -y md.mdcrd > mmpbsa.log
  File "/opt/amber20/bin/MMPBSA.py", line 99, in <module>
    app.file_setup()
  File "/opt/amber20/lib/python3.8/site-packages/MMPBSA_mods/main.py", line 167, in file_setup
    self.mut_str, mutant_residue = make_mutant_trajectories(INPUT, FILES,
  File "/opt/amber20/lib/python3.8/site-packages/MMPBSA_mods/make_trajs.py", line 298, in make_mutant_trajectories
    from alamdcrd import MutantMdcrd, GlyMutantMdcrd
ModuleNotFoundError: No module named 'alamdcrd'

Fatal Error!
All files have been retained for your error investigation:
You should begin by examining the output files of the first failed calculation.
Consult the "Temporary Files" subsection of the MMPBSA.py chapter in the
manual for file naming conventions.
有没有哪位老师能够帮我解答一下,十分感谢!

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发表于 Post on 2023-5-1 19:13:47 | 只看该作者 Only view this author
遇到了同样的错误,请问楼主解决了吗

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发表于 Post on 2022-12-6 16:37:05 | 只看该作者 Only view this author
遇到这种问题,八成是miniconda的python版本有问题,建议你再装一个ambertools吧

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