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[GROMACS] 关于气体分离过程建模与模拟终点的求助

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楼主
老师们好,我打算用grom研究不同层间距的层状材料对CH4和CO2气体分离过程的影响。我们组没人做过分子动力学,只能自己探索,现在遇到一些问题想要请教一下。
1、关于气体分离的建模。我自己考虑设置一个孤立体系的盒子,层状材料固定在盒子中间,CH4和CO2混合物在盒子左侧,右侧为真空区。这样的建模是否合理?
2、通过动力学模拟,气体分子自由扩散至真空区,考察扩散的过程,一般模拟到什么程度可以结束?就是模拟终点的确定要是右侧真空区被填满还是什么样呢?

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发表于 Post on 2022-12-23 21:47:08 | 只看该作者 Only view this author
天东耳日 发表于 2022-12-21 13:12
非常感谢sob老师您的回答!现在我又遇到了一个问题,由于我们的服务器CUDA和gcc版本太新无法安装gmx2018 ...

想办法用老版本,或者加个石墨烯或wall之类的挡住
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-12-21 13:12:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-12-9 06:16
1 可以

2 取决于目的。诸如只关注扩散初期的特征,就没必要等到都填满。如果要考察达到平衡所需要的时间 ...

非常感谢sob老师您的回答!现在我又遇到了一个问题,由于我们的服务器CUDA和gcc版本太新无法安装gmx2018,而gmx2019后不支持非周期性体系。在周期性体系中做气体分离的话,我原先的模型中左侧的气体分子直接向右侧真空区的镜像中扩散,而不通过中间的层状材料了。那么对于周期性体系研究气体分离问题我应该怎么修改模型或者修改方法比较合适?期待您的解答!

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发表于 Post on 2022-12-9 06:16:05 | 只看该作者 Only view this author
1 可以

2 取决于目的。诸如只关注扩散初期的特征,就没必要等到都填满。如果要考察达到平衡所需要的时间、浓度变化随时间的变化等等,那就模拟到浓度达到平衡为止
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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