[GROMACS] 使用gmx_MMPBSA进行能量分解时出现问题

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发表于 Post on 2022-12-8 17:53:03 | 只看该作者 Only view this author 回帖奖励

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我对蛋白质-配体复合物进行了50ns的GROMACS分子动力学模拟（charmm36力场），之后使用sob老师推荐的gmx_MMPBSA工具，取15-50ns的轨迹文件计算每个氨基酸的能量分配。在分析结果的时候我发现有些氨基酸的能量非常低，比如ARG100达到了-240 kcal/mol，而总的结合自由能只有-22.15 kcal/mol。另外，所有的氨基酸能量加一起远小于总的结合自由能。这是由于什么引起的呢？参数文件和结果文件如下，期待各位老师的解答。