求助：溶液体系中给水分子赋初始速度后mdrun报错

韩式蛋炒范 · 发表于 Post on 2022-12-27 22:20:12

老师好，有一个问题困扰了许久，多种尝试均失败，请老师指点：
问题：体系是蛋白质分子周围分布球形溶剂分子盒子（如图），在gro文件中给溶剂分子（四点水）规定赋了指向球心方向的初始速度0.001nm/ps（速度格式正确“%8.4f%8.4f%8.4f”），但是mdrun的时候体系报错。请问这可能是什么原因导致的，我应该如何修改参数，可以实现给溶剂分子赋值指定方向的初始速度后体系不崩溃？

参数：pmd.mdp文件中和速度相关的关键参数均已进行了设置，不希望打乱赋予指定方向的速度：质心速度comm-mode = none, 温度置换tau_t = 0.5(蛋白) -1(溶剂), 速度产生 gen_vel =no 细节如附件所示

报错内容：pmd.log文件中报错Initial temperature: nan K（如图）

谢谢老师，困扰已久，求指点！

pmd.mdp (2.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 3)

mol · 发表于 Post on 2022-12-29 22:31:18

请教lz，指向球心方向的速度矢量如何计算出来弄到gro里呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-29 03:07:33

韩式蛋炒范发表于 2022-12-28 21:22
感谢老师回复，我是想模拟水分子以指定速度方向对蛋白进行撞击，来寻找什么条件下可以发生蛋白分子结构的 ...

这种事情得反复去试，比如初速度设为0看能不能跑；如果能跑，再加大一丁点再试，反复尝试找原因
也包括尝试简化体系，比如只保留水层而不考虑蛋白去试
用了0.5 fs步长就没必要刻意换成刚性水（换了当然也没问题），此时不会因为水是刚性还是柔性而导致问题

韩式蛋炒范 · 发表于 Post on 2022-12-28 21:22:12

sobereva 发表于 2022-12-28 03:35
用柔性水、不用constraints = hbonds还用2fs步长哪行
尝试1fs，还不行就0.5 fs

感谢老师回复，我是想模拟水分子以指定速度方向对蛋白进行撞击，来寻找什么条件下可以发生蛋白分子结构的塌陷。

我按照您的指点，对.mdp做了以下修改 constraints = h-bonds；dt = 0.0005 (0.5 fs步长）；tau_t = -1(蛋白) -1（水)；DispCorr = no; mdrun的时候还是报错Initial temperature: nan K；具体报错.log如附件所示。

老师，请问为了实现我的模型，还有其他参数可以调整的吗？只能换成刚性水分子TIP3P吗？期待您的回复，谢谢老师~

pmd_error_2.log (17.05 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

sobereva · 发表于 Post on 2022-12-28 03:35:06

用柔性水、不用constraints = hbonds还用2fs步长哪行
尝试1fs，还不行就0.5 fs

体系那么大真空区，根本不能用EnerPres

不知道你当前想模拟什么，如果模拟特定动能的水对蛋白质的撞击，根本不应当用热浴

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