纯二氯甲烷npt平衡时，盒子一直增大

Alan123 · 发表于 Post on 2023-1-4 21:15:09

本帖最后由 Alan123 于 2023-1-4 21:16 编辑

老师，我使用acpype产生了二氯甲烷的GAFF的top文件，使用packmol构建了一个只含有二氯甲烷的盒子，二氯甲烷的沸点是40℃，我模拟的时候，用的温度是25℃，但是npt平衡时，盒子一直在增大，请问这个情况是怎么回事呢？谢谢

DCM.top (2.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 4)

npt.mdp (659 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 5)

Alan123 · 发表于 Post on 2023-1-5 10:38:33

sobereva 发表于 2023-1-4 22:54
体系平衡之前不要用PR压浴。先用Berendsen热浴

尝试温度从较低开始一点点增加

好的好的，我先试下，谢谢sob老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-4 22:54:33

体系平衡之前不要用PR压浴。先用Berendsen热浴

尝试温度从较低开始一点点增加

acpype默认用的AM1-BCC电荷严重过时。应当按下文计算RESP2(0.5)电荷，并且考虑溶剂模型表现二氯甲烷环境
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）

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