求助:拉伸动力学中pullf.xvg图像折线无峰值问题及坐标单位修改

Nancylee0416

各位大佬求助，Gromacs2021.1，模拟包含两条链蛋白-小分子结构，拉伸其中一条短链，整个蛋白轨迹能看到结构的变化过程。我的理解初始拉力特别大，是否是我拉伸速度太快了。但无论怎么调整拉伸速度和弹簧系数，pullf.xvg的图像都是折线，没有拉伸蓄力然后突然降低这种趋势，force的初始数值很大，上万。
# This file was created Wed Jan 18 02:06:55 2023
# Created by:
#                 :-) GROMACS - gmx mdrun, 2021.1-UNCHECKED (-:
#
# Executable:   /data/apps/gromacs/2021.1/bin/gmx
# Data prefix:  /data/apps/gromacs/2021.1
# Working dir:  /data/run01/scv74/c6
# Command line:
#   gmx mdrun -v -deffnm pull -ntmpi 1 -ntomp 64 -pf pullf.xvg -px pullx.xvg
# gmx mdrun is part of G R O M A C S:
#
# GROningen Mixture of Alchemy and Childrens' Stories
#
@    title "Pull force"
@    xaxis  label "Time (ps)"
@    yaxis  label "Force (kJ/mol/nm)"
@TYPE xy
0.0000        21700.8
0.1000        418.709
0.2000        -218.96
0.3000        -765.794
0.4000        3215.54
0.5000        3162.72
0.6000        -1794.76
0.7000        2130.37
0.8000        -1687.06
0.9000        -1192.78
1.0000        1150.68
1.1000        -1726.93
1.2000        2013.48
1.3000        -369.352
1.4000        -1420.56
1.5000        -1309.59
1.6000        -815.409
1.7000        -1084.83
1.8000        -1008.61
1.9000        409.044
2.0000        1197.65
2.1000        -1846.54
2.2000        231.067
2.3000        52.0729
2.4000        -1232.94
2.5000        744.321
2.6000        183.353
2.7000        -391.624
2.8000        -691.917
2.9000        1367.23
3.0000        1447.83


附上mdp文件
; title       = Umbrella pulling simulation
define      = -DPOSRES_A               
这部分位置限制需要根据限制哪一个链来调整DPOSRES_A? 我想固定的区域是A链和小分子，在index.ndx中把它设定为A组，但itp文件中只在topol_Protein_chain_A.itp末尾添加限制，这样是否有影响呢？
; Run parameters
integrator  = md
dt          = 0.002
tinit       = 0
nsteps      = 500000    ; 1000 ps
nstcomm     = 10
comm-mode   = Linear
comm-grps   = System
; Output parameters
nstxout     = 5000      ; every 10 ps
nstvout     = 5000
nstfout     = 5000
nstxout-compressed   = 5000       ; every 10 ps
nstenergy   = 5000
; Bond parameters
constraint_algorithm    = lincs
constraints             = h-bonds
continuation            = yes       ; continuing from NPT
; Single-range cutoff scheme
cutoff-scheme   = Verlet
nstlist         = 20
;ns_type         = grid
rlist           = 1.4
rcoulomb        = 1.4
rvdw            = 1.4
; PME electrostatics parameters
coulombtype     = PME
fourierspacing  = 0.12
fourier_nx      = 0
fourier_ny      = 0
fourier_nz      = 0
pme_order       = 4
ewald_rtol      = 1e-5
; optimize_fft    = yes
; Berendsen temperature coupling is on in two groups
Tcoupl      = Nose-Hoover
tc_grps     = system
tau_t       = 1.0
ref_t       = 310
; Pressure coupling is on
Pcoupl          = Parrinello-Rahman
pcoupltype      = isotropic
tau_p           = 2.5      
compressibility = 4.5e-5
ref_p           = 1.0
refcoord_scaling = com
; Generate velocities is off
gen_vel     = no
; Periodic boundary conditions are on in all directions
pbc     = xyz
; Long-range dispersion correction
DispCorr    = EnerPres
; Pull code
pull                    = yes
pull-pbc-ref-prev-step-com = yes
pull_ngroups            = 2         ; two groups defining one reaction coordinate
pull_group1_name        = Chain_B
pull-group1-pbcatom     = 3212
这个参数我选择了要拉动的B链中的一个任意原子
pull_group2_name        = Chain_A
pull-group2-pbcatom     = 1395
这个参数我选择了要拉动的A链中的一个任意原子，但Chain_A包括A链和小分子。
pull_ncoords            = 1         ; only one reaction coordinate
pull_coord1_type        = constraint  ; harmonic potential
pull_coord1_geometry    = distance  ; simple distance increase
pull_coord1_dim         = N N Y
;pull_coord1-vec         = 0 0 1
pull_coord1_groups      = 1 2
pull_coord1_start       = yes       ; define initial COM distance > 0
pull_coord1_rate        = 0.002     
；拉伸速度从0.01修改为0.001,0.002,0.005，都进行了尝试。
pull_coord1_k           = 1000      ; kJ mol^-1 nm^-2
；弹簧系数从1000调整为500,100，都进行了尝试。
pull-nstxout            = 50
pull-nstfout            = 50


求助大家！

Nancylee0416

求助各位大佬！
缩小盒子体积，折线还是这样

Nancylee0416

另外想问一下，force-time的图像中力的坐标一般是什么单位呢？看到文章中有kcal/mol/A，kj/mol/A？
以及包括RMSD等等分析是都会以A为纵坐标单位，和gromacs分析的单位nm并不相同。我手动在excel中调整结果再用GRACE生成图像。有单位修改的方法吗？
感谢大家！