Gaussian分子朝向问题

11111111m · 发表于 Post on 2023-1-26 21:20:41

1. 我用优化好的输出坐标在相同水平上又做了一次结构优化，发现第二次刚开始的标准朝向和上一次的输出坐标不同，x和z分量取了相反数分子绕y轴转了180，想知道这是为什么呢，第一次的输出不是已经是标准朝向了吗？
2.

输出文件中这两个dipole不是在同一朝向吧
3.看了sob老师写的用Multiwfn计算分子的长宽高http://sobereva.com/426，想知道这个计算出来的长宽高和直接用标准朝向下的xyz坐标极值分别做差得到的长度是一个东西吗？有什么差别

sobereva · 发表于 Post on 2023-1-26 23:41:59

1 已经提示了input orientation，这是输入朝向下的

2 这是标准朝向下的

3 不一码事。计算原理在http://sobereva.com/426里写明了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-1-26 22:03:25

标准朝向不是分子坐标的连续函数，当分子对称性高的时候尤其如此。所以两个差别极小的坐标（例如因为坐标四舍五入导致的差别）的标准朝向很可能差别极大。比如一个水分子，任何一个给定的氢原子在标准朝向时有50%概率指向左边，有50%概率指向右边，所以坐标稍微有一点变化，哪怕只是小数点后第10位变了，都可能导致标准朝向差180度

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[新手求助] Gaussian分子朝向问题

浏览过的版块