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[GROMACS] 求助：怎么生成位于端基的非标准氨基酸CHARMM36参数？

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灵芝5

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楼主
发表于 Post on 2023-2-6 10:22:13 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |正序浏览 |阅读模式 Reading model
本帖最后由 灵芝5 于 2023-2-7 13:17 编辑

你好！

我正在搭建一个膜蛋白和一个肽的模拟体系，用的CHARMM36力场，GRMACS跑体系；其中肽的2个端基是非标准氨基酸NAL，为了生成它的参数，我在residuetypes.dat中定义了NAL属于protein,之后加离子时， 体系报错如下图，报错的2个二面角是NAL的CA\CB\CG与端基N和C形成的二面角；报错的Itp已经上传。我在另一篇博文中看到如果定义的非标准氨基酸位于端基，还需要在residuetypes.dat中定义它处于N端和/或C端时的残基名称，请问怎么定义NAL位于N和C端的残基名？加离子时报错是否是因为没有定义NAL处于N端和/或C端时的残基名称？

202302061016094919..png (123.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 18)

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topol_Protein_chain_B.itp

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