lammps跟学课程运行in文件出现错误提示：ERROR: Invalid data file section

高章磊

这是一个求助帖。
我是一个刚准备学习lammps的计算化学菜鸟，为了学习lammps我在网上购买了一个lammps的入门引导课程。课程中老师教我们编写in文件和data文件，开始都没有问题在能量最小化设置完成试运行的时候频繁出现错误，具体错误代码如下：
ERROR: Invalid data file section: Angles (src/read_data.cpp:535)
在看到是角相关的错误后，我仔细检查了Angles相关的设置在此附上我的data文件：
###############################################################
PE chain and conterion

        30    atoms
        19    bonds
         0    angles
         0    dihedrals
         0    impropers

         2    atom types
         1    bond types
         1    angle types
         0    dihedral types
         0    improper types

0.0 40.0 xlo xhi
0.0 40.0 ylo yhi
0.0 40.0 zlo zhi

Masses

  1 1.0
  2 1.0

Atoms

1        1        1        -1        1        0        0
2        1        1        -1        2        0        0
3        1        1        -1        3        0        0
4        1        1        -1        4        0        0
5        1        1        -1        5        0        0
6        1        1        -1        6        0        0
7        1        1        -1        7        0        0
8        1        1        -1        8        0        0
9        1        1        -1        9        0        0
10        1        1        -1        10        0        0
11        1        1        -1        11        0        0
12        1        1        -1        12        0        0
13        1        1        -1        13        0        0
14        1        1        -1        14        0        0
15        1        1        -1        15        0        0
16        1        1        -1        16        0        0
17        1        1        -1        17        0        0
18        1        1        -1        18        0        0
19        1        1        -1        19        0        0
20        1        2        -1        20        0        0
21        2        2        2        0.95934        10.23025        4.09158
22        3        2        2        20.70501        28.53771        0.87793
23        4        2        2        22.67306        20.57917        11.5014
24        5        2        2        22.41135        0.65318        25.90387
25        6        2        2        24.27093        11.6846        12.06886
26        7        2        2        24.39299        0.66857        10.75375
27        8        2        2        20.81403        8.51076        12.81234
28        9        2        2        23.82675        26.1556        2.559
29        10        2        2        5.36501        8.99247        15.00578
30        11        2        2        26.8009        3.16178        23.01846


Bonds

1        1        1        2
2        1        2        3
3        1        3        4
4        1        4        5
5        1        5        6
6        1        6        7
7        1        7        8
8        1        8        9
9        1        9        10
10        1        10        11
11        1        11        12
12        1        12        13
13        1        13        14
14        1        14        15
15        1        15        16
16        1        16        17
17        1        17        18
18        1        18        19
19        1        19        20


Angles


1        1        1        2        3
2        1        2        3        4
3        1        3        4        5
4        1        4        5        6
5        1        5        6        7
6        1        6        7        8
7        1        7        8        9
8        1        8        9        10
9        1        9        10        11
10        1        10        11        12
11        1        11        12        13
12        1        12        13        14
13        1        13        14        15
14        1        14        15        16
15        1        15        16        17
16        1        16        17        18
17        1        17        18        19
18        1        18        19        20

#######################################################
in文件也附上，方便大家帮我查错：
#######################################################
# BD simulation of polyelectrolyte polymer in counterion ion


echo          screen


units         lj
dimension     3
newton        on
boundary      p p p
atom_style    full


bond_style     harmonic
angle_style    harmonic


read_data     data.file


pair_style    lj/cut/coul/long 1.12246 8.0
pair_coeff    1 1 1.0 1.0
pair_coeff    1 2 1.0 0.8  0.898
pair_coeff    2 2 1.0 0.6  0.673
pair_modify   shift yes


bond_coeff    1   5000.0 1.0
angle_coeff   1   50.0   180


kspace_style  pppm 1.0e-4
kspace_modify order 6


######################################
# 能量最小化，或者排除非常不理想的构象，实现一个比较合理的初始结构


dump          1 all atom 2 dump.lammpstrj
minimize      1.0e-4 1.0e-6 10000 100000
#############################################################


体系很简单，就是20个单一原子在x轴上组成一条链，然后有另外10个坐标随机的原子。他们全部都在一个40*40的cube里,视频里的老师运行就能成功我一运行就报错说角有问题，我想知道原因究竟在哪儿？先提前谢过愿意帮我这个小白的大佬，感谢。

wjwh

高章磊 发表于 2023-2-9 14:36
感谢感谢，我人都傻了，这么明显的部分我居然没看出来。多些帮助！！！

哈哈没事很正常，数字看多了容易看走眼。

高章磊

wjwh 发表于 2023-2-8 19:28
0 angles 和1 angle type冲突了。你底下明明有angles部分，但是在最前面没有定义出出来。

感谢感谢，我人都傻了，这么明显的部分我居然没看出来。多些帮助！！！

wjwh

0 angles 和1 angle type冲突了。你底下明明有angles部分，但是在最前面没有定义出出来。