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[GROMACS] 求助:gmx如何说明分子靠近有序-无序转变温度

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楼主
各位老师好,我在gmx跑几种大小不同但结构类似的分子,它们根据实验在一定温度范围是具有相同的液晶排列的,但是我发现在同一温度下跑模拟,分子质量小的分子形成的液晶排列的缺陷比较多,而分子质量大的跑出来就很完美,我觉得这是因为分子质量小所以熔沸点低,同样的温度下可能对小一些的分子就有点高了,导致其更接近有序-无序转变温度,所以缺陷多,但是不知道该怎么用gmx验证这个猜想,初步是想算msd,如果小分子msd升高地快就能证明模拟温度更接近熔沸点或者有序-无序转变温度,请问各位老师怎么看,有什么更直接的办法吗?感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-2-10 13:13:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-2-10 04:39
算MSD没问题,已经很直接了

好的!感谢sob老师!

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发表于 Post on 2023-2-10 04:39:44 | 只看该作者 Only view this author
算MSD没问题,已经很直接了
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