公社群聊Q&A整理：2016.06.02 18 ~ 2016.06.04 19 Concate

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-6-12 03:10:29

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2016.05.09 04:10:09
A:
CCSD(T)/CBS算的也是相对能量，绝对能量用这个依然算不准
Q:
各位老师：DFT优化结构与频率计算，结合QCISD（T）或者CCSD（T）计算单点能；与采用热力学组合方法；有没有这两类方法计算精度与耗时的相对比较？
,您好！
我用泛函（m62x，mpw1k，mpwb1k等）的方法计算丙烯醛和氯原子的反应，端碳加成中间体的能量相对于反应物的能量约为25 kcal/mol，但是用QCISD,CCSD,或者MP2校正后，端碳加成中间体相对于反应物的能量约为20 kcal/mol，这样，校正后的能量用来计算动力学性质就不合适了，尤其是压力相关的反应速率常数和实验不一致了。用什么方法能得到和泛函一致的能量？
A:
直接上CCSD(T)就完了
Q:
CCSD(T)直接优化？
A:
CCSD(T)哪优化得动
Q:
m062x方法：中间体的相对能量 -25 kcal/mol，
CCSD单点：中间体的相对能量 -20 kcal/mol，
校正后的能量用来计算压力相关的产物分支比就和实验不一致了，如果相对能量 -25 kcal/mol，就能得到和实验一致的产物分支比
不知道为什么QCISD,CCSD,或者MP2校正后，中间体的相对能量上升了那么多
A:
只要你用CCSD(T)用的不是比cc-pVTZ小的基组，就甭管DFT。恰好和实验对得好纯属巧合
CCSD算得动就一定要用CCSD(T)
Q:
哦，对不起，我打错了，计算时用的是 CCSD(T)
A:
没什么好分析的，CCSD(T)/cc-pVQZ足够当金标准，非说和实验结果不一样那是你对其它方面考虑不周
QCISD（T）大势已去，现在大家都知道CCSD(T)比之更鲁棒
以前热力学组合方法里用QCISD(T)的后来纷纷改成CCSD(T)
优化+频率根本没必要用CCSD。DFT足矣
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2016.05.09 04:10:09
Q:
老师好，根据您好sob老师的建议，我的分子先用B3LYP/6-31G*优化已经完毕，得到 .chk 和 .out 两个输出文件，现在准备用HF/6-31+G*优化最后计算得到resp电荷，请问如何操作，谢谢老师
两位老师，我是外行，不太懂您的意思，我是之间把那个.chk文件打开存为pdb文件，再用opt hf/6-31g(d) scf=qc pop=mk iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1)得到静电势，再拟合resp电荷吗？
额，老师，就是把最终的.chk文件存为pdb，然后hf/6-31g(d) pop=mk iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1)得到静电势，再拟合电荷吗？
A:
先仔细阅读
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331
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2016.06.02 18:36:46
Q:
活化自由能为什么是单点能相减，而不是自由能相减？
A:
当然是自由能相减
Q:
[图片]
文章不是怎么说的啊？
A:
这说了自由能垒！！！！？？？？？
Q:
不好意思，我输错了。活化自由能是应该是自由能之差。
我想问的是溶剂化自由能竟然叫自由能，为什么是单点能相减，而不是自由能相减？
A:
溶剂模型就这么定义的，看J. Phys. Chem. A 2010, 114, 13442–13444
Q:
溶剂化能是指溶剂化自由能，还是有别的定义？
A:
溶剂化焓也有
Q:
意思是说，溶剂化能是一个总和的概念，包括溶剂化自由能，溶剂化焓等？
A:
y
Q:
希望楼上可以把相关书本的章节告诉大家，这个不好太好找吧
A:
scrf用否时单点能求差是溶解自由能，这是搞溶剂模型的人的convention
看完JPCA文献再问
Q:
我知道，但是这是文献的，和书本有关系？
A:
和物化书本无关
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2016.06.02 18:41:56
Q:
Sob真是好脾气好耐心/强/强/鼓掌/鼓掌
A:
脾气可差了，易怒
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2016.06.02 18:42:46
Q:
[图片]求教：用fchk文件在win下拿gview画HOMO，LUMO轨道图的时候出现这个错误，该如何解决？谢谢！
A:
重新生成遍chk再试
要么就用Multiwfn
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2016.06.02 18:45:10
Q:
老师，自学Ms的基本教材推荐一下吧，简单的操作我都会，我就想知道一些参数设置的技巧，比如结构优化不收敛，如何分步优化，在什么情况需要建超胞，它的目的是什么，我们课题组的老师跟同学都不懂这个，老师偏偏提出来让我计算一下，用计算支撑我的实验跟理论，老师给点建议吧，谢谢老师，我确定用Dmol进行计算，我就是想针对性的学学，没有人指点，进步挺慢的@Sobereva
A:
自带教程先啃明白了。
群共享里公社专用邮箱里的MS资料也看了。
有些不懂是基础知识不足，看看基本第一性原理的书诸如Density functional theory-A Practical Introduction(SHOLL,2009)，专用邮箱里有电子版
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2016.06.02 18:46:32
Q:
[图片]
总是出错，求各位大神，支招
A:
又一次证明maxcyc是多么害人
蹂躏计算姬将近一个礼拜
Q:
之前一次，增加了循环，就做出来了，这次分子比较大
A:
64上限>95%的情况都足够了
那是歪打正着，中彩票了
Q:
哈哈
A:
抱着中500万大奖的心态买彩票不倾家荡产才怪
Q:
老师，给支个招吧，跪求，都做将近一个月了，没得任何效果
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
娃娃发链接把.打成,了
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2016.06.02 18:55:15
Q:
我用MS的DFTB+模块就想优化一下dimer ,然后跑一下Dynamics,作业老是跳出来，现在天天找教程看，参数设置真的是大问题啊
A:
dimer用什么DFTB+，这么点体系
Q:
想找到稳定的 dimer结构，用一下Dynamics
A:
DFTB参数整不好就是瞎折腾
dimer用高斯、ORCA跑得好好的
Q:
我不知道分子的晶体结构，所以手动摆放了两个分子，如果直接用高斯的话，是不是跑完没有多大变化呀
A:
做二聚体构型搜索
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
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2016.06.02 19:02:27
Q:
[图片]做IRC时，出现这种垂直的两个点，是怎么回事，然后这种irc一定会失败
A:
跑失败才有那种
因果关系搞错了
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2016.06.02 19:03:25
Q:
[图片]大家好，这种图用什么软件做的啊，跟Gview做的不一样
A:
chemcraft，静电势投影到原子球上
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2016.06.02 19:05:34
Q:
咨询一下，通过gromacs计算产生的.tpr文件是什么文件，VMD打不开呢。谢谢
A:
mdrun的输入文件
看报错提示解决
Q:
咨询一下，gromacs计算产生了一个md.log文件，这说明优化结束了？然后怎么看这个优化的结构？VMD
A:
vmd载入gro再载入xtc或trr
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2016.06.02 19:09:37
Q:
[图片]求教：Multiwfn可以修改电子云的颜色吗？这样看上去不是很美观？谢谢！
A:
改成mesh，或者mesh+solid，然后把所有光源都打开
改成mesh，或者mesh+face，然后把所有光源都打开
[图片]
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2016.06.02 19:11:02
Q:
[图片]
A:
末尾加空行
Q:
求各位大神支招
老师不懂
A:
输入文件末尾空两行保平安
Q:
[图片]
老师这种的吗
A:
[图片]
Q:
[表情][表情][表情]
/大哭/大哭/大哭
老师不懂呀[表情][表情]
老师不懂呀/流泪/流泪
看不清
A:
我在怀疑我说火星语
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2016.06.02 19:16:51
Q:
请问老师，做频率分析时，输出文件中有频率表示的振动仅仅包括：
键伸缩振动
键角振动
二面角振动
这三项吗？
A:
振动坐标必然是这三种内坐标的组合，所以可以这么说
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2016.06.02 20:28:34
Q:
[图片]请问老师们，做稳定分子的结构优化和计算频率，这个关键词可以么？
A:
maxcyc太猖獗了
B3LYP/6-311G** opt freq就完了
Q:
[图片]这样就ok？
A:
Sobereva(190258442) 12:30:31
B3LYP/6-311G** opt freq就完了
越是初学者，按理说用的关键词越少才对，现在势头却总是反过来，真莫名其妙
都是被“伪高手”带坏的
Q:
[表情]我搞了那么久，试了很多关键词，发现其实还是最开始最简单的最好用。
A:
绝大情况下好用的关键词一定会被开发者设成默认选项
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2016.06.02 20:41:05
Q:
请问各位老师，对于带电体系，高斯能有比较好的描述吗？
A:
没问题
Q:
但是如果是zwitterion的结构，我用高斯优化，本来正负电荷之间应该由于很强的吸引作用而相互靠近，正好还能形成环内7元环，单色完全优化不出来，正负电荷的基团总算跑得很远我还以为是高斯不能完全准确的描述这种两性离子体系呢
A:
你先把正负部分拉近再优化
这是原理的事，不要随意赖高斯
Q:
哈哈我还是菜鸟谢谢Sobereva老师~~ 那我再试试~~~
[图片]Sobereva老师，请问为什么这里的正电的N原子不直接和带负电的O原子直接静电作用呢，优化出来变成了分子内氢键作用。直接静电作用还是六元环，现在的氢键作用是七元环。这个怎么解释呢？
A:
本来就该这样，COOH-带负电那么强，气相下当然会试图从NH3+拉氢
Q:
我是加了SMD优化的但是不应该是静电作用一般都比氢键作用强吗？@Sobereva
A:
氢键本质就是静电作用
涉及的原子对应是氢键时候的静电作用就叫氢键
Q:
继续麻烦Sobereva老师~，那为什么O-N之间不直接静电作用呢？
A:
都带负电，相互作用也是互斥作用，显然不可能这俩原子拉一起去，明明氢带明显正电O干嘛不和它发生吸引相互作用
Q:
N带负电？这个是铵基团呢Sobereva老师
A:
即便基团带正电，N的电负性仍明显大于H，根据原子电荷计算方法的不同，有些原子电荷计算方法给出N是负电
即便带正电，也比H正电小得多，O干嘛和它吸引？何况周围都有H，这么大位阻，O从哪插空和N作用去？
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2016.06.02 20:42:27
Q:
没机会上课，我比较关心怎么可以拿到老师的讲义
同上
A:
没戏
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2016.06.02 20:51:43
Q:
“< | | >”“< |”这个符号是什么意思来着？
A:
看量子力学书dirac符号介绍
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2016.06.02 20:58:28
Q:
万能的群啊，谁能帮我找一篇文献啊，我根本就找不到地方啊
SOB，可以发吗？
A:
只要不是sci-hub能下的就不违规，一切按照群规执行
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2016.06.02 21:18:59
Q:
请教一下老师，amber中小分子电荷有bcc和resp两种，看11年的一篇文献说bcc电荷用在净电荷不为0的小分子上不够准确，但是我看到一些文献中对于带电分子也在用bcc电荷，我的体系中小分子有个电离的羧基，所以就想请教一下各位，是什么意见。
关键是我们没有高斯的版权，所以。。。
A:
能算RESP就算RESP
am1-bcc本身目的也只是resp的近似
没版权也没人追究这个，何况原理上又不是非得有高斯才能得到resp电荷
Q:
是吗，但是听人说没版权，会被拉入黑名单，以后投稿会受影响
A:
你不写高斯就完了
Q:
那您认为am1-bcc电荷能用于带电分子吗
谢谢，我怕这样不太好
A:
bcc参数给中性体系拟合的，用于带电体系可能没中性那么理想，但问题应该不大
高斯就起到个算静电势的作用，换了其它免费程序一样算
Q:
非常谢谢老师，给推荐个免费的能拟合resp电荷的程序吧，谢谢
打搅您中午休息了抱歉
A:
antechamber
非要一个程序就搞定nwchem也可以
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2016.06.02 22:44:12
Q:
请问各位大神，我在GROMACS中做运算的时候怎么设置用几个CPU啊
[图片]我在网上查的是这样的，可是怎么不行呢
我这个没改，我改了，mdrun_mpi
但是还是不行
[图片]
会发现我占了20多个核心
A:
用-nt来设定用多少核
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2016.06.02 23:19:58
Q:
sob老师，am1和pm3有没有不错的资料？
A:
主流量化书里如levine的都会讲PM3和AM1
想自己写程序可以看MOPAC7的源码
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2016.06.02 23:34:31
Q:
Q-chem的td解析频率是梁万珍搞的吧
A:
是
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2016.06.02 23:44:22
Q:
问下各位 oniom做完qm/mm激发态计算后想分析轨道用gview如何分析？涉及到环境有大量mm部分的原子在gview里轨道分析的按钮失效。[图片]
A:
ONIOM算完了chk里没有轨道信息没法分析
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2016.06.03 00:13:58
Q:
[图片]请问各位老师，这是NBO分析的输出结果，此图是否说明Nb-C7和Nb-C4之间为共价作用而不是静电吸引作用呢？
A:
NBO的这些输出不足为信。结合BCP的能量密度等指标分析，看
AIM键临界点处电子密度拉普拉斯值符号判断相互作用类型失败原因的图形分析
http://sobereva.com/161
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2016.06.03 00:13:58
Q:
Sob老师，请问若复合物以共价作用为主，能否用静电势预测复合物中分子的反应位点？
A:
不能。要用双描述符、福井函数之类讨论
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2016.06.03 00:29:29
Q:
[图片]请教 Stuttgart方法的输入是这样的吗/抱拳
[图片]请教 Stuttgart方法的输入是这样的吗[表情]
A:
这类问题一定看此文
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.06.03 01:39:27
Q:
[图片]请问一下sob老师，在做ESP分析的时候，有bug吗？从截图中可以发现surface maxima中有个能量是-25.70kcal/mol，这个应该是surface minima的吧？
我为什么觉得-25.70kcal/mol 是minima呢？[图片] 左上边两个点，一个是cyne的-26.63kcal/mol 一个是orrange 的是-25.70kcal/mol
A:
不要轻易怀疑程序有bug！
极大点不代表静电势是正值，只是说周围一圈静电势比它都小
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2016.06.03 02:08:24
Q:
求助一篇文献，http://www.sci-hub.io/用不了，谢谢
Propylene sulfite as film-forming electrolyte additive in lithium ion batteries
G.H. Wridnigg, T.M. Wrodnigg, J.O. Besenhard, M. Winter, Electrochemistry Communications,1 (1999) 148
A:
早就不是.io了，看群规
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2016.06.03 02:19:34
Q:
请问multiwfn能读取A和B的cub文件，但是同样设置的AB的cub文件却读取不了这个是怎么回事呢？
A:
怎么读取不了？如果说不清楚压缩后发给我
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2016.06.03 05:36:41
Q:
请问那个今年暑假量化培训班的通知出来了吗？
A:
没，六月中旬才会发布
Q:
暑期班和Multiwfn学习班还会放在一起吗？
A:
不
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2016.06.03 05:52:04
Q:
有哪位同学知道AIM键临界点输出的临界点信息中eta index:翻译成中文是什么吗？？
A:
eta指数
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2016.06.03 06:44:46
Q:
请问，先算一个体系的三重态的单点能，然后再算其单重态的单点能（读的是三重态的chk文件），这种方法有什么好处呢？
再问一遍
A:
毫无好处
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2016.06.03 06:53:04
Q:
Sobereva老师 chk太大的，转不了fchk就彻底没办法吗？
A:
怎么转不了？
当你转换过大的chk文件的时候，需要在环境变量中设置比如：export GAUSS_MEMDEF=2000000000，即先尝试设置2GB
或者计算时候直接用formcheck关键词，算完后直接就在scratch路径下生成Test.FChk文件
----------------------------------------------------
2016.06.03 07:00:59
Q:
就目前而言，b3lyp是不是能描述交换关联泛函的最好的泛函呢
显然不是[图片]
A:
显然不是
Q:
如果有圣杯泛函，估计算不动大体系了
刘文剑老师说，目前（他）来看， DFT 几乎不可能做systemic improvement，所以追求高精度最终还会落到post-HF的发展上。即便能够发展出足以媲美 gold standard（指CCSD(T)？）的泛函，其计算消耗可能比相应级别的 post-HF 还要高。
最后一句话的根据是？
A:
[图片]
Q:
似乎说过例如一个硬伤是DFT从本质上单参考，虽然有处理强相关体系的方法，而且自称效果很好（指 DMRG？），但其从本质上就不对，不可能得到很好地结果，得到好的结果也只是在（势能面上的？）某些区域by chance是对的，曲线不可能做对。
其实就是说，天下没有免费午餐～
post-HF的终点是无数个行列式的线性组合，而DFT则试图用一些简单的，在原本的H中不存在的项来计算一个行列式而逼近无数个行列式变分的结果，因此有撞大运的性质。
原来TCA有个工作，构造H2的“精确XC泛函”，就是先用FCI算出结果，再拟合一个泛函，然后反过来再用泛函算H2，结果很好（废话。。。）
A:
hyper-GGA类是专门处理强静态相关的泛函，用100% HF交换，但是相关部分是non-local的，计算量很大，形式复杂，也就Q-Chem极个别程序能做。而且为降低计算量甚至先用其它泛函做完SCF最后再用这类泛函算个能量
Q:
一个“形式上”降低计算量的方法是量子MonteCarlo，比如QMC，MCMP2之类都有。但是代价是你不知道你算多少步才能得到正确结果～有可能10000步就已经收敛了，也可能1000000步还没有收敛
总之量子化学发展90年了，没有任何人找到过“多快好省”的方法～
恩，但QMC没有特别流行的黑箱软件，所以不好测试
A:
QMC有个开源免费的casino，但一直没时间玩
Q:
但从实用角度说，最成功的也就是CCSD(T)，B3LYP，M06，和DFT-D3BJ了
A:
还有双杂化，很好弥补了CCSD(T)和普通泛函中间这个档
Q:
[表情]MC从本质上就容易并行吧
虽然不知道QMC的原理是什么
A:
可以看看这个入门级review DOI: 10.1002/wcms.40
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2016.06.03 07:14:22
Q:
大家好，我简单想模拟一个石墨烯层板上方碱土金属Mg2+，一般都是以Cation-π作用，考虑体系较大我用B3LYP来算的，但是结构太离谱了，同样的体系如果计算Ca2+的时候却很正常，位于六元环的中间
[图片]
[图片]
[图片]
用M06-2X实在是太耗时，我看了些文献也有用B3lyp的
之前一直是L502报错，后来改了不少才用的QC
54个重原子M06-2X还好吧，确定不是因为QC耗时？
A:
相对于B3LYP改成M062X，用qc耗时增加得更多
而且B3LYP用什么ultrafine...
可以试试高HF成份的诸如BHandHLYP
----------------------------------------------------
2016.06.03 07:41:26
Q:
远程操作Linux系统总出现这种情况，请问该如何处理呢？
没装gaussian吧
装了
[图片]
啊？我不用远程直接操作服务器是可以运行的啊
我猜用的用户不一样
或者直接连不同的机子上去了[图片]
呃，应该不是
我就这一个用户啊
到~下面看一下.bashrc里Gaussian的东西对不对
到哪里看？
~
cd ~
vi .bashrc；看看有啥
[图片]
vi .bashrc
[图片]
A:
着都着急
Q:
谁让你cd了
A:
看着都着急
Q:
就打vi .bashrc
点前面有个空格
[表情]直接copy paste过去也行啊
/抠鼻直接copy paste过去也行啊
[图片]
貌似啥都没有
只要你非远程的时候确实用的这个机器、这个用户，绝对用不了g09[图片]
A:
[图片]
Q:
[图片]突然意识到下一个可能的问题是如何退出vi
A:
所以cat就好
----------------------------------------------------
2016.06.03 08:05:30
Q:
Sob要把multiwfn的程序读懂，也可以写本开发书了吧
A:
那到用不着，只要了解基本的程序结构、数据储存方式、算法原理，大部分代码还是很容易读懂的。Multiwfn代码写得很易读
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2016.06.03 10:24:52
Q:
Shermo中似乎只考虑了改变同位素对平动的影响，对转动、振动的影响如何计算？例如同位素对振动的影响是不是需要知道整个Hessian才能得出来？
A:
同位素对转动、振动的影响已经体现在shermo要读取的振动频率和转动惯量上了
Hessian不依赖于同位素，但经由它和质量矩阵所转化出的力常数矩阵依赖同位素，所以对角化力常数矩阵得到的振动频率依赖同位素
----------------------------------------------------
2016.06.03 10:28:18
Q:
请教一下sob老师，用速度自己相关函数傅立叶变换求 vdos的时候如果系统有不同质量的原子组成，一定要吧速度自相关乘以质量在做傅立叶变换么？
A:
这块不熟悉
----------------------------------------------------
2016.06.03 10:43:24
Q:
都还醒着了
A:
debugging
Q:
同debugging
A:
[表情]
/呲牙
----------------------------------------------------
2016.06.03 12:38:21
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
JACS某文[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.03 18:05:39
Q:
请问老师基组6-31g和6-31 有什么区别吗
在计算的时候关键词写的6-31高斯默认的是用6-31g计算吗
在计算的时候写6-31并没有报错正常计算的
Amazing，6-31确实会被解析为6-31G
谢谢老师我在输出文件里找这个关键词来着但是没有发现请问您是在哪里找到确定6-31确实会被解析为6-31G呢
A:
没报错不代表合理、可靠
所以写关键词按规矩
----------------------------------------------------
2016.06.03 18:08:42
Q:
班门弄斧
我刚接触，昨天刚问过这个
http://platinhom.github.io/2015/09/17/AutoCalcRESP/
(整理Q&A) 老师，我在用Opt HF/6-31g* Pop=MK IOp(6/50=1) 做一个小分子，带一个负电荷的构象优化，要用得到的静电势拟合resp电荷。但是老师算不完，反复出现Initial convergence to 1.0D-05 achieved. Increase integral accuracy.我该怎么办，能在高斯优化前用其他程序预先优化一下吗
还在用HF优化。。。我不知道还说什么了
(整理Q&A) 老师，您是说HF优化精度不够，还是根本不适合，我们分子模拟一般都是有机小分子。
这个老师也挺厉害的，我是参照他的BLOG上的方法http://platinhom.github.io/2015/09/17/AutoCalcRESP/
A:
优化用DFT，单点你再用HF/6-31G*来等效表现溶剂对溶质的极化
虽然优化用HF对结构带来的误差对RESP电荷计算问题不大
不要轻信网上的东西，很多人一知半解也敢写教程
----------------------------------------------------
2016.06.03 18:31:05
Q:
老师，对于镓这样的元素，需要加赝势吗？
我看一个伊朗人的文章，里面的Ga原子用了6-311+G*
A:
用赝势
Q:
老师，镓原子可以用赝势吗，还是波普尔基组就足够了
A:
当然首选用赝势
能降低计算量
如果你就是要图省事，就写pople基组或def2也罢
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2016.06.03 19:27:51
Q:
我要求该激发态的偶极矩的话，有必要做振动分析吗？
[图片]优化一个root=1的激发态，优化曲线一直是这样的状态，该怎么办[表情]
[图片]
A:
激发态偶极矩跟振动分析毫无关联
----------------------------------------------------
2016.06.03 21:18:55
Q:
大家好！有机分子进行波函数分析对泛函和基组是不敏感的，但是，大家认为最准确的泛函和基组是什么？mp2做波函数分析如何？
A:
没有专门的测试，不好说。MP2的密度准确性没问题。
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2016.06.03 21:56:26
Q:
请教各位，消除自旋污染，看网上说是可以采用自旋投影和半电子近似的方法，应用到输入文件中，应该是需要加什么关键词呢？
A:
不要轻信网上的东西。
你先明确你要用什么理论方法、和<S**2>理想值偏差多大，再谈怎么解决以及有没有必要考虑自旋污染
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2016.06.03 23:43:18
Q:
[图片] 这个方法和基组怎么用关键字指定啊是B88VWNP86/TZVP? 么求大家指教
手册中只查到了VWNP86的泛函 B88 DGAI BP86没有查到这些关键字所以不会了
A:
写BP86就完了
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2016.06.03 23:50:11
Q:
请教个为老师同学，会不会出现原子的激发态比它的基态能量还低的情况
请教各位老师同学，会不会出现原子的激发态比它的基态能量还低的情况
但是我现在算了H原子的能量在激发态的时候竟然比基态还要低
[图片]
[表情]
[图片]
[图片]
[图片]激发态的
[图片]基态的
A:
显然不可能，那就不叫激发态
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2016.06.03 23:54:53
Q:
师兄，我现在需要在气态下用DFT方法算构象的自由能，用哪些方法比较好？M06-2X？
A:
M06-2X
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2016.06.04 00:07:14
Q:
老师，请教个基础问题。"DFT、TDDFT的积分都是只能数值求解的，而HF、CIS等方法是直接积分求得精确交换能，没有数值积分一步", 是因为上边所述原因，在opt=vtight的时候，DFT必须要加int=ultrafine关键词，而HF等方法不需要这个词吗？
另外CPHF的我也给定义为"grid=150974"了，一般来说这个精度应该对研究低频弯曲振动够用了吧(小于30原子分子)？谢谢~
A:
HF根本就不涉及到格点积分，设格点纯属多余
Q:
谢谢～CIS, MP2,CASSCF,CCSD涉及l701-703和l1002，针对电子积分和求解cphf方程，也都不是数值积分从而不要设置格点积分精度吧？
A:
对
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2016.06.04 01:16:10
Q:
请教，DOS图纵坐标DOS的单位是(states/eV)还是(electrons/eV)
是不是电子态数用那个都可以？
A:
不用写单位
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2016.06.04 02:23:20
Q:
[图片]优化一个root=1的激发态，优化曲线一直是这样的状态，该怎么办/可怜
A:
减小步长上限、gdiis
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2016.06.04 03:31:18
Q:
vmd如何同时打开多个pdb文件，一个一个点开太慢了
A:
选中一批pdb文件往vmd main里一拖
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2016.06.04 03:37:49
Q:
群里哪位有molcas软件，想测试一下，能否传一份，不胜感激
A:
免费版molcas http://www.kvant.kemi.uu.se/molcas/
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2016.06.04 04:42:01
Q:
各位大神，我优化的碳纳米管总是扁的，用的hf/3-21g,其他大基组和方法更不行，怎样解决啊，[图片]
HF/3-21G没啥意义，我只是先优化一下，在此基础上再用大的机组和方法优化
其他基组方法也用了，优化不出来
我也不懂这些，我看文献用的是b3lyp/6-31g,我用这个方法和基组也不行
A:
太烂的级别优化是白优化！HF/3-21G对电子结构复杂的情况经常连定性合理的也给不出来！
Q:
其他的B3LYP/6-31g优化出来的碳纳米管也是扁的
A:
看见6-31G这种写法就反胃
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
6-31G视觉上就像吴克
G=秃头
6-31G*，优化出来碳纳米管不可能扁的，如果扁的，绝对建模不合理
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2016.06.04 04:55:38
Q:
[图片]各位，求教。如图的C4H5自由基，优化后频率分析，甲基的频率是否过低了？优化和频率分析都在qcisd/6-311++个（2df,2p）
抱歉笔误qcisd/6-311++g（2df,2p）,最低频率对应二面角7-6-2-4的变化。虽然知道这个频率会比较低，但是现在的结果是不是过低了？需要怎样继续优化一下吗？
b3lyp/6-311++g(d,p)预优化出来的这个模式是大约33
这个结构也是 b3lyp/6-311++g(d,p)是二十几，然后qcisd下变成负的了
话说 hindered rotor 对于这么低的频率处理起来很不好办吧
这么这么低还是直接用hinded rotor的公式就可以啦
好的，多谢！试试看，也找找看看文献里有没有类似的这么低的频率
A:
这样极低频很正常。本身两个甲基之间彼此绕着旋转的势垒就非常低。不信你扫描个旋转曲线
另外注意优化时用opt=tight确保优化的准确度，否则这么浅的势阱优化不准
你给QCISD用的基组太恶心，后HF计算不宜乱用pople基组，cc-pVTZ为宜，便宜点就用def2-TZVP
当前问题根本不着加弥散
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2016.06.04 05:22:53
Q:
大约五十几个原子的小分子，优化激发态结构，b3lyp/6-311g+(d)，12核计算，内存给了24GB，算了一周时间，一点收敛的迹象都没有？
A:
优化本身就用不着大基组。本身激发态优化就慢，机子一般，体系不小，用6-31G*足矣
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2016.06.04 05:26:00
Q:
[图片]
请问这个 PE 是什么格式？
A:
直接用E13.5整数位是0，1P的话往前挪一位，让整数有实际数值，这样可以在同等输出宽度下增加一位有效数字
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2016.06.04 05:29:07
Q:
硼铍团簇计算时采用B3LYP方法和PBE0方法最低振动频率振动模式不同,TPSSH 与B3LYP一致, 不知如何解决?
A:
用B3LYP
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2016.06.04 05:55:24
Q:
请问用multiwfn怎么画电子密度差的xy面平均在z轴的积分图呢？
请问计算xy面内的电子密度差积分时，只需要将Z改为XY吗？[图片]
请问怎么能不考虑z，只考虑在xy面内的积分呢
对于电子密度差在xy面内做dxdy的积分
A:
不能
Q:
是这种的话直接输入Z就可以吧？
我想既考虑在xy面内单独的积分，然后又考虑xy面的点对所有的z积分，两种情况都要考虑
A:
@长天/孤鹜就用绘制电荷转移曲线的功能，沿着Z积分就完了，直接给各个XY平面上的积分值的曲线
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2016.06.04 06:33:09
Q:
两位老师好，我现在模拟苯乙烯（99%，液态）+苯酚（99%，液态）的反应，SCRF(SMD,Solvent=？, PCM=Read)这里的？该写什么，请明示
A:
按体积比例混合参数，这里说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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2016.06.04 07:35:44
Q:
老师，我是用sf-tddft算的激发能，用的是泛函是UM06-2X,,算出来之后这个值偏离0.75，所以觉得自旋污染严重[图片]
我看网上有说用RODFT的方法，把默认收敛改为5，加上关键词iop(5/14=2)，这样可行吗？
A:
[图片]
[图片]
你这又不是高斯算的，哪能用iop？
Q:
恩恩，同一个体系，我是想先用高斯消除，gamess我也不会消除
A:
根本没法搞在一起
和收敛限更没关系，降低收敛限只会降低精度
Q:
[图片]老师，从计算化学公社找的，有点看不懂？
A:
我根本就不认为对称破缺算双自由基时有通过这种做法消除自旋污染的必要
没自旋污染，就根本不可能靠U来计算双自由基
很多人把自旋污染妖魔化
这段看不明白的话也可以看看Essentials of Computational Chemistry-Theories and Models(2ed,Cramer)的附录也有介绍自旋投影的，写的更详细。
不过终究这只是给个形式上的公式，能不能用还看程序本身支不支持。而且这一般也都是用在基态的，牵扯到SF事情更复杂，大抵也没消除的办法，不消除也不代表结果就不合理。可以算算相关SF-TDDFT文章里的例子。
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2016.06.04 07:39:12
Q:
请教一个问题：如果我使用了scale关键词，对ZPE进行了校正，那么，Thermal correction to Energy、 Thermal correction to Enthalpy和 Thermal correction to Gibbs Free Energy也会相应的变化么？这些数据我是否还能再用？我看到焓熵都是由校正因子的，没有看到内能的校正因子。谢谢
A:
算完了校正后的焓减去RT就完了
那些数据不能用。算什么就用什么的校正因子
Q:
恩恩，sob老师，我没有看到内能的校正因子
A:
人家都给了焓校正因子，结果就差个RT，还给内能校正因子作甚？
[图片]
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2016.06.04 09:39:26
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
刚发现可以直接写PM6D3，等同PM6 empiricaldispersion=D3，看样子是可以用的
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2016.06.04 09:59:59
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
搞了个G98-A03，HF单点任务比g09-D01慢一倍
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2016.06.04 09:59:59
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
说来高斯QCI和BD都支持到(TQ)，CC却不支持，真是可惜
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2016.06.04 10:25:45
Q:
有人知道CCSD(T)/CBS如何在高斯里面计算吗
A:
谈谈能量的基组外推
http://sobereva.com/172
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2016.06.04 15:23:43
Q:
你好，我最近在用multiwfn输出nto，感觉一个一个轨道输出也挺慢的，有没有linux版本呢？如果能转成批处理，一下子输出好多轨道的nto的cub就好了
A:
Multiwfn根本就不能用来产生NTO
Multiwfn当然有linux版
Q:
18功能不是可以么
A:
即便是windows版依然可以批处理执行
18哪有NTO？
那是电子-空穴分析，手册里你搜NTO绝对搜不到
Q:
说错了
对，hole，ele
A:
[图片]
Q:
太好了，手动计算得一会一输，挺慢的，
还有输出的hole.cub在gaussian中打开，只有一种颜色的分布，而且hole和ele颜色一样
view中打开
A:
本来就一样，都是正值
要想用两种颜色用VMD来绘制，比gview强得多
习惯用vmd绘制cube文件等值面后就会觉得gview这方面是个渣
Q:
vmd打开的话是两种颜色分布么
A:
hole和electron是两套cube文件，数值都为正，不管你用什么程序绘制，默认颜色显然都是一样的
自行设不同cube文件对应的等值面的颜色
Q:
不知为啥，通过gaussian计算的nto轨道在view中怎么也得不到？得到的依然是原来分子轨道
哦
明白了
cub
A:
你用savento才能把nto存到chk里，否则存的还是正则分子轨道
Q:
savunto了
savento了
A:
savento后看fch看到的轨道一定是NTO
Q:
回头我再试试，我还是一个一个分别save的呢，结果通过view的mo一看，轨道能量还是原来的排布
A:
肯定没搞对
利用批处理的例子
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
制作动画分析电子结构特征
http://sobereva.com/86
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2016.06.04 15:32:26
Q:
老师，高水蒸气浓度下的反应可以用微溶剂考虑么？
A:
什么叫微溶剂？显式溶剂模型？
Q:
呃就是考虑几个水分子与反应物直接的作用
A:
反应物附近加几个水，同时用隐式溶剂模型
----------------------------------------------------
2016.06.04 16:37:55
A:
新出来一个算beta的超划算的基组R-ORP
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/qua.25139/abstract
Q:
R-ORP 基组有程序支持吗
A:
自定义就完了
Q:
总感觉基组对beta影响会比泛函小一，特别是都加了弥散以后
A:
弥散影响很大，不加没法用，加一层还是两层都差不少（aVDZ vs daVDZ）
[图片]
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2016.06.04 17:42:31
Q:
请问大家。关于介绍计算激发态的垂直激发模型的原始文献是哪一篇？
谢谢老师，我想引用原始文献的。
A:
没得引，随便找个涉及此概念的文献就完了，比如此文里提到的综述
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
这都是well-known的东西，找文献没必要
----------------------------------------------------
2016.06.04 17:59:02
Q:
请问下，如果做TD计算的时候，最大吸收是在n=10,那么nstate设置至少应该=11？
嗯，我也这么觉得
n=2的时候也有很强的吸收
n=2时候是在360nm n=10时候是在500nm,但是n=10时候的强度比n=2处的大，如果要计算荧光的话，我是选n=2还是n=10呢
A:
n越大越准，最起码比感兴趣的态大1，建议大>=5
Q:
好的，sob老师，我改成nstate=15了再计算一次td,那我的荧光计算选择的话，我是选择n=2还是n=10呢？
n=10处的吸收强度是n=2处的强度1.2倍
A:
算荧光看S1的，S1振子强度巨小的时候再考虑S2之类
完全不可能从S10发射
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2016.06.04 18:08:15
Q:
请教各位，怎么通过波函数同向或反向来确定原子之间是否完全成键或反键？？
A:
Multiwfn做Mulliken键级分析，可以给出各个MO对两个原子之间Mulliken键级的贡献，哪些归到起到成键、反键都能知道
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2016.06.04 18:14:04
Q:
请问Sob老师做ALIE图分析反应位点时为什么极大点和极小点都是正值呢？[图片]此分子为HNbH负离子
分子为HNbN负离子
A:
ALIE只可能有正值
极大点!=数值为正
极小点!=数值为负
极大极小是相对于周围一圈数值而言的
Q:
[图片]Sob老师这是乙烯的ALIE的分析结果，请问乙烯与HNbN负离子反应时，这两个分子的反应位点怎么判断呢？
A:
看极值点位置
Q:
Sob老师这两个分子都是正值，谁做极大谁做极小呢？
A:
乙烯是对称的，何谓谁做？
Q:
就是说两个分子，一个分子的极大点与另一个分子的极小点接近的地方为反应位点，那么我们用HNbN负离子的极大点还是极小点呢？
A:
根本就没这说法，ALIE极大点电子活性低，怎么可能倾向在极大点反应
用双描述符你倒可以去对比二者很正和很负的地方讨论在哪反应
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