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[GROMACS] Gromacs md不能运行

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楼主
各位老师好,我在运行gromacs中md时,发现总是错误提示说让使用32或更少线程。。。请问这个线程问题应该怎么纠正啊?我试过更改运行命令,修改脚本,可是还都是不能运行,请老师们指点一下,谢谢!

}%E{({(T44_}50H8QOXM.png (4.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 42)

错误提示

错误提示

I]]FIVLCDK4970@AX1@`[32.png (36.18 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

md运行脚本

md运行脚本

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-21 21:30:03 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-21 21:25
轨迹文件有没有不断增大?是不是nstlog设太大了?

没有,老师,轨迹文件是空的。那我把nstlog改小一点再试试

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发表于 Post on 2016-6-21 21:25:28 | 只看该作者 Only view this author
浅原问问 发表于 2016-6-21 21:22
老师好,我现在输入完整的命令是gmx_mpi mdrun -deffnm md.tpr -ntomp 32 -pin on & 输入命令后会显示正 ...

轨迹文件有没有不断增大?是不是nstlog设太大了?
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-21 21:22:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2016-6-12 22:14
这不是错误,只是note
这是指当前并行运算的线程数少于CPU逻辑核数,此时默认情况下gmx的线程就会在不 ...

老师好,我现在输入完整的命令是gmx_mpi mdrun -deffnm md.tpr -ntomp 32 -pin on & 输入命令后会显示正常在后台运行,但是输出的log文件里却什么都没有,既没有报错也没有note,这是输出文件。我试着再修改命令发现无论去掉哪个都不能输出log了,请问这该怎么改啊?辛苦老师了。。。

md.tpr.log

9.43 KB, 下载次数 Times of downloads: 1

输出文件

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发表于 Post on 2016-6-12 22:14:11 | 只看该作者 Only view this author
浅原问问 发表于 2016-6-12 20:52
您好,谢谢您的回复。我加入-ntomp后,线程问题解决了,但是又出现了新的错误提示,不知道您遇到没有,请 ...


这不是错误,只是note
这是指当前并行运算的线程数少于CPU逻辑核数,此时默认情况下gmx的线程就会在不同的核之间乱窜(这是由系统决定的),导致计算效率降低。你用-pin on就可以让gmx线程和CPU逻辑核心拴上,避免这个问题。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2016-6-12 20:52:54 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 浅原问问 于 2016-6-12 20:54 编辑

您好,谢谢您的回复。我加入-ntomp后,线程问题解决了,但是又出现了新的错误提示,不知道您遇到没有,请问这个该怎么解决呢?麻烦老师看一下(我试着加入-pin on还是不能运行)

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发表于 Post on 2016-6-12 16:19:05 | 只看该作者 Only view this author

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