拉伸分子动力学mdp文件参数设置问题

FHFH · 发表于 Post on 2023-2-13 16:46:09

问题1：模拟配体进入蛋白质催化口袋过程，力的方向为X轴负方向，设置的时候是否将力常数设为负值，力便是反向？
问题2：反应坐标为配体与催化口袋某个原子之间距离，如果力不是正好沿坐标轴，力的方向应该如何设置？

问题3：关于库伦力的计算，在这里是否用的PME方法，关于标注的选项是Ewald的方法吗，如果是的话，在mdp文件中可否删除这些设置？

谢谢各位老师同学的解答

FHFH · 发表于 Post on 2023-2-13 21:15:13

本帖最后由 FHFH 于 2023-2-13 21:25 编辑

修改了拉伸原子力常数和拉伸速率后模拟结果如下

可是在VMD中两个原子之间距离还有1nm左右的距离，显示的结果是早早的就到了0

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[GROMACS] 拉伸分子动力学mdp文件参数设置问题