求助做蛋白质-配体的模拟，生成小分子的gro文件后，与蛋白质合并在一起后VMD不显示

qingqingdong · 发表于 Post on 2023-2-16 19:08:27

各位老师，我最近在做蛋白质-配体的分子动力学模拟，在建模过程中遇到了些问题（力场AMBER+GAFF）：
蛋白质使用gromacs的pdb2gmx命令生成gro文件（protein.gro）；
配体在GaussView中加好氢，生成.mol2文件，然后在sobtop生成gro文件和.itp文件（btn1.gro，btn1.itp）；
之后按照教程，将配体的gro文件加进蛋白质的gro文件中，并修改了原子数（complex.gro），在导入VMD的时候不显示，帧数也为0。其中两个gro文件没合并之前均能在VMD中显示。

请教各位老师，这要怎么改呢，我的操作过程中是哪一部分有问题吗

qingqingdong · 发表于 Post on 2023-2-20 10:28:49

喵星大佬发表于 2023-2-17 18:24
你VMD卡了，重开

好的，多谢

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-2-17 18:24:58

你VMD卡了，重开

qingqingdong · 发表于 Post on 2023-2-17 09:18:02

sobereva 发表于 2023-2-17 03:22
把gro里第一行的#去掉

没问题了，这个#是我后加的，因为一开始的时候就不显示，然后我以为可能是名字问题，就加了个#，现在去掉已经能正常显示了。
我最近总遇到，刚生成后，文件或是内容或是显示问题，翻来覆去找不到问题，之后几分钟再打开又可以了

qingqingdong · 发表于 Post on 2023-2-17 09:14:56

sobereva 发表于 2023-2-17 03:15
发帖之后好好检查标题，有问题及时编辑修改。这次我把你的不当标题 "求助，做蛋白质-配体的模拟，生成小分 ...

好的，辛苦老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-17 03:22:47

把gro里第一行的#去掉

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-17 03:15:06

发帖之后好好检查标题，有问题及时编辑修改。这次我把你的不当标题 "求助，做蛋白质-配体的模拟，生成小分子的gro文件后，与蛋白质的合并一起VMDbu'xai... " 改了，以后注意

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[综合交流] 求助做蛋白质-配体的模拟，生成小分子的gro文件后，与蛋白质合并在一起后VMD不显示

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