使用pdb2gmx构建聚合物拓扑时，如何使程序正确识别残基？

T0ma · 发表于 Post on 2023-2-19 16:58:13

各位好，小弟因课题需要初学GMX，想进行PEG-PCL聚合物的自组装模拟。为了能够自动生成长链拓扑，用Chem3D生成了PEG2-PCL2的pdb文件后用TPPMKTOP生成了rtp文件，在oplsaa.ff/aminoacids.rtp中分别添加了两种结构单元和两个端基单元的信息，并在residuetypes.dat中添加了残基。
我将pdb文件中默认的残基分类后，尝试pdb2gmx，使用-ter将端基设置为【none】，出现如下报错：
Fatal error:
Atom O5 in residue BL1 1 was not found in rtp entry BL1 with 7 atoms while sorting atoms.

我知道是因为pdb文件和残基文件中的原子命名不统一，但是pdb文件的原子名称是按照顺序的，而残基中原子名称是固定的。如果我有一条四五十个结构单元的长链，也需要手动修改每一个原子名称吗？或者用什么方法可以让程序识别每一个结构单元呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-20 02:42:46

提供了结构文件，sobtop直接就能轻松快速地产生聚合物的拓扑文件，看http://sobereva.com/soft/Sobtop

T0ma · 发表于 Post on 2023-2-19 18:11:19

shadowcrystal 发表于 2023-2-19 18:05
推荐试一下CHARMM-GUI的聚合物构建模块，网址：https://charmm-gui.org/?doc=input/polymer。用教育邮箱注 ...

谢谢，我去学习一下

shadowcrystal · 发表于 Post on 2023-2-19 18:05:06

本帖最后由 shadowcrystal 于 2023-2-19 18:06 编辑

推荐试一下CHARMM-GUI的聚合物构建模块，网址：https://charmm-gui.org/?doc=input/polymer。用教育邮箱注册一下就能使用。PEG有现成的结构单元可选，PCL可以拆分为一个聚乳酸的结构+两个聚乙烯的结构单元。我不太确定这样去构建PLA是否合理，稍微搜了一下，有文献使用了CHARMM-GUI构建PLA（https://ietresearch.onlinelibrar ... /10.1049/nbt2.12073），你可以自己再确认一下。

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