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[GROMACS] 求助:gromacs在设有freeze的情况下跑NPzT报错的问题

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本帖最后由 13607155646 于 2023-2-20 19:50 编辑

各位老师好,我想做一个锂离子电池正极固液界面的模拟。液相体系是是EC,DEC,PF6+,Li+,PVDF,固相是磷酸铁锂,这是参照一篇文献来做的:整体的过程中,磷酸铁锂是被freeze住的,温度耦合和压力耦合分别是采用的Nose-Hoover和PR。(文献中采用的是lammps)在一开始进行能量最小化和NVT的时候都很正常,但是文献里紧接着做了一步NPzT,于是我在压力耦合中设置了

Pcoupl                   = Parrinello-Rahman
pcoupltype          = semiisotropic
tau_p                    = 2.0            
compressibility          = 0 4.5e-5            
ref_p                    = 0 1.0      
refcoord-scaling  = com


但是无论怎么调整,都会有lincs-warning,我尝试了一些方法:排除载体磷酸铁锂之间的作用力energygrp-excl(我磷酸铁锂的bonded中压根没写键参数,感觉这个体系中不需要考虑磷酸铁锂的键参数,所以这个选项好像也没啥用),把PR换成berendsen(这个只会报错更快)。
之前在其他的帖子中sob老师说过,gromacs中在设置了freeze的情况下去进行压力耦合很容易报错,
不知道有没有小伙伴做过这种类似的体系,真心求助!!!
这是文献中packmol之后的初始构型(不是上下各一层,只有一层固体,上面的是周期性边界)

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发表于 Post on 2023-2-21 03:00:52 | 只看该作者 Only view this author
改用位置限制势代替freeze
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