同样的分子，对接到两个不同受体中，对接打分相似，如何说明分子选择性

shifan · 发表于 Post on 2023-3-13 16:02:26

同样的分子，对接到两个不同受体中，对接打分相似，且两个受体5埃之内的残基类型都一样，只是某些残基在构象上不同，我们还应该怎么做来说明分子选择性？

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-13 20:54:58

shifan 发表于 2023-3-13 20:47
我们做了结合自由能计算依然说明不了选择性，MD 耗时长，是否还有其他方法可以解释

如果缺乏实验数据，本来就未必有什么选择性

如果实验上确实有明显选择性差异，注意考虑蛋白结构的差异对分子扩散运动等方面的影响，也可以试图考察结合路径上的PMF对比差异

shifan · 发表于 Post on 2023-3-13 20:47:55

我们做了结合自由能计算依然说明不了选择性，MD 耗时长，是否还有其他方法可以解释

shifan · 发表于 Post on 2023-3-13 19:58:47

好嘞，谢谢您

frank666 · 发表于 Post on 2023-3-13 16:48:55

个人愚见，分子对接不能作为分子选择性的主要依据，只能是辅助的验证手段，因为对接可以得到的构象很多，分数有高有低，可能评分与分子真实活性相去甚远。可以先做个动力学看看复合物稳不稳定，算算结合自由能。最后能用体外实验验证一下就最好了。

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[综合交流] 同样的分子，对接到两个不同受体中，对接打分相似，如何说明分子选择性