求助优化生成的自由基两个稳定结构的选择

btm · 发表于 Post on 2023-3-23 17:08:14

计算脱羧烷基自由基时，我直接选取了优化好的羧酸结构删掉羧基优化，此时优化后的脱羧烷基自由基基本构型没有发生改变记为（I），然后我选取脱羧过渡态IRC生成物去优化生成的脱羧烷基自由基记为（II）。
计算发现(I)的结构未发生严重改变（直线型）能量高，（II）可能是由于由于吸电子基团或氢键导致其结构别为了（区没有X）型，能量低。那我在后续反应中选择一还是选择二（I和II能量差10kcal/mol），如果为了方便计算可以选II吗？

btm · 发表于 Post on 2023-3-23 20:18:13

wzkchem5 发表于 2023-3-23 17:38
最严格的方法：对脱羧产物做构象搜索，并估计构象转变的速率（例如可以找几个代表性的构象转变的过渡态）， ...

感谢老师指点

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-23 19:12:48

帖子标题不得乱用叹号，置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。这次给你改了，以后注意

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-3-23 17:38:56

最严格的方法：对脱羧产物做构象搜索，并估计构象转变的速率（例如可以找几个代表性的构象转变的过渡态），看看是产物构象转变快还是产物被后续反应步骤消耗快。如果是前者快，则取为构象搜索得到的自由能最低的构型（更严格的做法是对所有自由能较低的构象做Boltzmann平均），如果是后者快，则取为(II)。
次严格的方法：直接取(II)。
不管以什么标准判断，(I)都不如(II)好。如果(I)的能量比(II)低，那么无论如何要估计一下是构象转变快还是产物消耗快，你这个情况因为(I)能量比(II)高，所以简单一些

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