已有离子液体gro和itp文件，但未将残基写入rtp文件，请问对后续模拟有影响吗？

LHY1999LHY · 发表于 Post on 2023-3-27 19:11:23

各位好，本人想使用martini力场建立一个含有离子液体的粗粒化模拟体系。现在已有离子液体粗粒化的gro 与itp文件，但残基未写入rtp 文件，在做能量最小化时，出现以下情况：

请问残基未写入rtp对后续模拟会产生影响吗？（因为已经有了itp，不需要pdb2gmx生成，所以未将残基写入rtp）谢谢大家

LHY1999LHY · 发表于 Post on 2023-3-28 08:24:31

sobereva 发表于 2023-3-28 05:05
不用pdb2gmx就没rtp的事

好的，谢谢您的回复。

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-28 05:05:06

不用pdb2gmx就没rtp的事

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[GROMACS] 已有离子液体gro和itp文件，但未将残基写入rtp文件，请问对后续模拟有影响吗？

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