用Multiwfn做IRI-π minima的时候，值应该读哪个？

小靖靖

跟着IRI_tutorial教程，根据doi.org/10.1002/cmtd.202100007，做IRI-π分析，想还原一下，但是有一个数不太知道读的是哪个？例如下图1，图a、b中的IRI-π=1/1.7,我理解的是在VMD里面作图的时候，自己改的值，图c中的(ρ-π) 我理解的是从Density of all electrons:       0.4915317130E-01(即下面图二中标黄部分)   这个位置读出来的，但是图c中的IRI-π的值，我理解的是从最开始输出的坐标后面读出来，即下面的图三中标黄的第二行，但是跟文章中图c对应不上，不知道到底改读哪个？图c中的0.05、0.147、0.147都是在哪个位置读出来的？请老师们辛苦指点一下，谢谢各位老师。

小靖靖

sobereva 发表于 2023-4-11 23:32
导出成pdb文件，在VMD里看。graphics - representation里用选择语句（serial）可以只显示特定的一个或多 ...

好的，谢谢老师，我在研究一下，老师辛苦啦

sobereva

小靖靖 发表于 2023-4-11 21:21
sob老师，您好，再打扰您一下，向您请教两个问题，第一就是我在定位最小值的点的时候，一共有291个点，当 ...

导出成pdb文件，在VMD里看。graphics - representation里用选择语句（serial）可以只显示特定的一个或多个点，看
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

小靖靖

sobereva 发表于 2023-4-1 11:45
IRI教程里说了(Note: If you hope to reproduce Fig. 11 in IRI original paper, you should select “high ...

sob老师，您好，再打扰您一下，向您请教两个问题，第一就是我在定位最小值的点的时候，一共有291个点，当我要找我想要的点的时候，很难找，点太多堆叠在一起，序号很难看清，有没有更好的方法读自己想要的点呀？第二就是，我现在会将所有的点都显现在图中，也会定位某一个点在图中展现，假如我想在一个图中同时显现4个点，这个可不可以实现呢？如果可以，应该怎么做呀？谢谢老师

小靖靖

sobereva 发表于 2023-4-1 11:45
IRI教程里说了(Note: If you hope to reproduce Fig. 11 in IRI original paper, you should select “high ...

非常感谢sob老师，我再用high quality grid试一下，辛苦老师啦

sobereva

IRI教程里说了(Note: If you hope to reproduce Fig. 11 in IRI original paper, you should select “high quality grid” here)。用high quality grid的时候，你的第三张图的黄色部分的数值是0.14732487，和我的IRI原文里的图上标的相同。