求助：为什么与小分子结合很好的氨基酸，计算的MMPBSA是正值？

灵芝5 · 发表于 Post on 2023-4-4 16:29:31

你好！

我用gromacs跑了一段100ns的膜蛋白加小分子的体系。之后计算60-100ns稳定一段的mmpbas，用的gmx_mmpbsa.bsh脚本。

计算之后，观察到轨迹中ARG289与小分子结合的比较稳定，但是看计算的残基分解能量值，ARG289的值是正值，

但是结合自由能不应该是越负说明结合的越好吗？请问这是什么原因？

附上能量计算脚本、ARG289与小分子结合图、ARG289计算能量值

ZQQQD · 发表于 Post on 2023-11-2 11:26:10

请问这个问题解决了吗

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[GROMACS] 求助：为什么与小分子结合很好的氨基酸，计算的MMPBSA是正值？

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