dmol3结果中能量部分的含义求助

xiongb123456 · 发表于 Post on 2016-6-29 12:32:12

在一些反应的计算中，经常需要用到吉布斯自由能去描述能量
我在dmol3的运算中，首先对结构进行优化，随后拿出优化结构的结果计算能量，性质中勾选frequency
运算结束后对得到一系列能量按照公式我们需要得到三个能量分别是E，Ezpe和TS（下附输出文件，黑体加粗部分）
按照我的理解E就是输出结果中所得的total energy，Ezpe应该是 Zero point vibrational energy:    121.535 kcal/mol这一项，而TS就是最后输出的不同温度下的熵值。
请问老师我这样的理解以及数据选取是正确的吗？我比较好奇的是零点能与零点震动能有什么区别呐？谢谢
Energy components:
Sum of atomic energies = -2554.0616375Ha
               Kinetic =    -11.0122381Ha
         Electrostatic =    -3.2945630Ha
   Exchange-correlation =       3.6323827Ha
      Spin polarization =       1.5810254Ha

        Total Energy          Binding E                Time Iter
Ef       -2563.155030Ha       -9.0933930Ha                1.5m    20

STANDARD THERMODYNAMIC QUANTITIES AT 298.15 K  AND    1.00 ATM

This Molecule has  3 Imaginary Frequencies
   Zero point vibrational energy:    121.535 kcal/mol

H,Trans:             0.000 kcal/mol
H,Rot  :             0.000 kcal/mol
H,pV :             0.000 kcal/mol
H,Vib - ZPVE:          7.928 kcal/mol
S,Trans:             0.000  cal/mol.K
S,Rot  :             0.000  cal/mol.K with Symmetry Number: 1
S,Vib  :             42.278  cal/mol.K
C,Trans:             0.000  cal/mol.K
C,Rot  :             0.000  cal/mol.K
C,Vib  :             64.272  cal/mol.K
===================================
H,Total - ZPVE:       7.928 kcal/mol
S,Total:             42.278  cal/mol.K
C,Total (p):          64.272  cal/mol.K
G,Total:             -4.677 kcal/mol
===================================
DFT atomic data not found.
No matching atomic binding energies in Thermo_Atom file
Skipping heat of formation calculation.

STANDARD THERMODYNAMIC QUANTITIES
computed from    25.00 to 1000.00 in steps of 25.00

   T       Entropy Heat_Capacity Enthalpy Free_Energy
   (K)       S  (cal/mol.K) Cp       H  (kcal/mol)  G

                                          (ZPVE is included)

________________________________________________________________

  1 25.00       0.032       0.222    121.535    121.535
  2 50.00       0.982       3.358    121.574    121.525
  3 75.00       3.162       7.761    121.712    121.475
  4  100.00       6.053    12.686    121.967    121.361
  5  125.00       9.473    18.284    122.352    121.168
  6  150.00    13.346    24.467    122.886    120.884
  7  175.00    17.608    31.045    123.579    120.498
  8  200.00    22.195    37.833    124.440    120.001
  9  225.00    27.046    44.684    125.471    119.386
10  250.00    32.108    51.496    126.674    118.647
11  275.00    37.331    58.202    128.045    117.779
12  298.15    42.278    64.272    129.463    116.858
13  300.00    42.677    64.751    129.582    116.779

GBSLBY · 发表于 Post on 2025-6-18 15:24:14

版主您好，请问还在从事MS相关的工作吗？我最近也在用DMOL3计算能量相关，想请教一些问题。具体是结合一些文献来进行复现，主要是14年的这篇文献，我是想通过DFT计算得到的能量与宏观的CO2 和H2O的化学势进行建立关系，以此来根据自由能的大小来评估矿物相的稳定性，您有时间方便的话可以加我微信15612037760非常感谢版主的赐教，谢谢。

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-16 07:05:12

dcckin 发表于 2019-8-15 11:03
卢老师，什么我打开程序就直接退出了，谢谢

输入文件不合要求

dcckin · 发表于 Post on 2019-8-15 11:03:06

sobereva 发表于 2017-8-30 21:12
shermo并不要求非得有高斯的输出文件，你只需要把shermo计算所需要的信息按要求填进去即可，用什么程序算 ...

卢老师，什么我打开程序就直接退出了，谢谢

sobereva · 发表于 Post on 2017-8-30 21:12:50

kepler 发表于 2017-8-30 21:01
您好，shermo软件要有gaussian的输出文件才行，然而我是用DMOL3计算的，请问如何将DMOL3的输出文件（.out ...

shermo并不要求非得有高斯的输出文件，你只需要把shermo计算所需要的信息按要求填进去即可，用什么程序算频率都一样。

kepler · 发表于 Post on 2017-8-30 21:01:03

sobereva 发表于 2016-7-7 16:39
任何量化程序用的热力学公式都是一样的，都是来自标准的统计热力学公式，不会有不同，若有不同一定是错 ...

您好，shermo软件要有gaussian的输出文件才行，然而我是用DMOL3计算的，请问如何将DMOL3的输出文件（.outmol）改成符合shermo软件要求的格式呢？

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-7 16:39:47

xiongb123456 发表于 2016-7-7 15:54
谢谢老师您的回复在外开会一周刚刚进来看您的回复！

谢谢老师您的分享，按照我个人的看法dmol3应该与 ...

任何量化程序用的热力学公式都是一样的，都是来自标准的统计热力学公式，不会有不同，若有不同一定是错的。那些热力学量是怎么算来的在shermo文档里有详述
Shermo：计算气相分子配分函数和热力学数据的简单程序
http://sobereva.com/315

ZPE就是那个

xiongb123456 · 发表于 Post on 2016-7-7 15:54:11

sobereva 发表于 2016-6-29 21:50
你最后图中的公式是完全错误的。这才是正确的：
G(T)=H(T)-T*S(T)=U(T)+R*T-T*S(T)
U(0K)=E+ZPE

谢谢老师您的回复在外开会一周刚刚进来看您的回复！

谢谢老师您的分享，按照我个人的看法dmol3应该与gaussian是不同的。
那么按照我帖子上说的，使用dmol3求解的零点能Ezpe，就是dmol3的输出文件中的 Zero point vibrational energy: 121.535 kcal/mol这一项吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-6-29 21:50:54

你最后图中的公式是完全错误的。这才是正确的：
G(T)=H(T)-T*S(T)=U(T)+R*T-T*S(T)
U(0K)=E+ZPE

不懂热力学计算公示的话看看
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=123
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=2440

ZPE就是零点振动能，量化计算里说的零点能也就是指零点振动能。

熵是S，而不是TS，TS指的是熵对自由能的影响。你把T乘到S,Total: 42.278 cal/mol.K上面就是TS项

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