求助，AIMD如何限制分子在input文件的盒子内

杨成蹊 · 发表于 Post on 2023-4-10 23:12:30

本帖最后由杨成蹊于 2023-4-10 23:14 编辑

各位老师好，我在做AIMD模拟辛烷与水反应时，初始模型图1所示所有分子都在盒子内，但跑完程序后分子基本上都跑出了盒子外面（见图2），请问可以添加一些什么条件使得分子在设定盒子内进行AIMD模拟呢，请问各位老师该如何获取其他类型的文件呢？

杨成蹊 · 发表于 Post on 2023-4-11 15:12:16

sobereva 发表于 2023-4-11 12:22
用三维周期边界条件（PBC）做模拟就完了
CP2K即便考虑了周期边界条件，保存的轨迹还是按不考虑PBC方式记录 ...

谢谢卢老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-11 12:22:59

用三维周期边界条件（PBC）做模拟就完了
CP2K即便考虑了周期边界条件，保存的轨迹还是按不考虑PBC方式记录的，用VMD看轨迹的时候pbc wrap -all卷回盒子就完了

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