求助B(OH)3和水的混合体系判断平衡的脚本问题

tym1999

探究用醇萃取硼酸的动力学过程，动力学模拟了辛醇，B(OH)3和水的混合体系，跑了10ns后想看动力学是否平衡，于是用SASA的变化衡量了辛醇和水的分离，已经平衡（如图所示）。
想判断B(OH)3的分布是否稳定，准备通过统计B(OH)3周围一定距离（比如3.5埃）内水分子的数目实现，于是编写了如下VMD tcl脚本：
set nf [molinfo top get numframes]
set outfile [open C:/Users/a/Desktop/water-number.dat w ]
set sel [atomselect top "(noh same resid as (resname SOL and within 3.5 of resname BOH3))"]
for {set i 0} {$i<$nf} {incr i} {
$sel frame $i
$sel update
set molnum [$sel num]
puts $outfile "$i $molnum"
}
close $outfile
脚本正常运行，获得了water-number.dat文件（如下图所示），但是文件中获得的水分子数都为0，想问下这是什么原因呢？

sobereva

tym1999 发表于 2023-4-11 16:53
老师，确实是选择语句的问题，然后我改成了如下的选择语句（红色部分），输出的water-number.dat中有数据 ...

基本平衡了
只能对照轨迹图像来分析

tym1999

sobereva 发表于 2023-4-11 11:45
先把选择语句输入到representation里的selected atoms里，确保能显示出相应部分，以确保选择语句无误，再说 ...

老师，确实是选择语句的问题，然后我改成了如下的选择语句（红色部分），输出的water-number.dat中有数据，数据从一开始就一直在250到350之间波动（如图所示），这种可以说明动力学已经平衡了吗？
而且water-number.dat文件数据中的帧数好像不完整，一共有5001帧，但是到4616帧就结束了，而且最后一帧的数据陡降了，这是为什么呀？
set nf [molinfo top get numframes]
set outfile [open C:/Users/a/Desktop/water-number.dat w ]
set sel [atomselect top "{resname SQL and within 3.5 of resname BOH3}"]
for {set i 0} {$i<$nf} {incr i} {
$sel frame $i
$sel update
set molnum [$sel num]
puts $outfile "$i $molnum"
}
close $outfile

sobereva

先把选择语句输入到representation里的selected atoms里，确保能显示出相应部分，以确保选择语句无误，再说用脚本的事