空间分布函数图该怎么做

浅原问问

各位老师好，我是用Gromacs得到离子液体的ionicbox_GMX.gro 和 ionicbox_GMX.top文件后，利用gOpenMol软件来做空间分布函数图的，但是做的很垃圾。我想做一个阳离子周围，所有的阴离子的分布概率，从而得到阴阳离子的相对位置关系。可是我做的图中，阴离子一团一团的均匀的分布着，看不出来哪个位置多，哪个位置少。请问老师有什么好的方法利用Gromacs做出来可靠的空间分布函数图吗？

一枚研究生

wbn 发表于 2016-7-1 22:47
没问题。用这个软件  http://www.travis-analyzer.de/
首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效 ...

请问一下，xtc 文件转化成 pdb应该怎么操作呢

Jotaro

madhatter 发表于 2022-2-17 21:50
You have to choose three reference atoms from the reference molecule Zn:
    The first reference ...

travis的分析是三原子确定坐标系，目前还没见到设置单原子中心。单原子作参考原子的时候建议使用sob老师提到的gmx spatial

madhatter

浅原问问 发表于 2016-10-14 09:47
我是用travis这个软件做的哎，我也不清楚你这是怎么回事，你是用gromacs分析的吗？

You have to choose three reference atoms from the reference molecule Zn:
    The first reference atom will be put into the center.
    The 2nd reference atom will be put onto the positive X axis.
    The 3rd reference atom will be put into the X-Y plane with positive Y values.

    Please enter three comma-separated reference atoms (e.g. "C1,H2,O1"):

请问一下，体系中我想将一个锌原子作为参考原子，去讨论这个原子与其他分子的空间分布函数，用了你推荐的软件，但是在输入中需要输入参考分子的三个原子，单原子可以输入吗？输入了几种都不行，想问一下怎么输入，谢谢大佬

anoak

楼主有试着用vmd做出这个图吗？我用vmd也是做得很垃圾

wbn

XYwinne 发表于 2017-4-23 22:06
不好意思，请教为什么要选三个原子？动力学过程怎么保证有刚性存在，用freeze吗？

因为三个点确定一个坐标系。选取你分子中本身有刚性的一部分，比如说一个aromatic 环上的三个原子。你也可以选柔性部分的原子，但是那样分析出来的sdf没有意义。

XYwinne

wbn 发表于 2016-7-1 22:47
没问题。用这个软件  http://www.travis-analyzer.de/
首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效 ...

不好意思，请教为什么要选三个原子？动力学过程怎么保证有刚性存在，用freeze吗？

田小甜

wbn 发表于 2016-10-14 22:06
时间有点久我有点忘了怎么安装的了。你直接看主页上的quick start guide 就行，好像非常简单的。Linux下 ...

嗯嗯，我已经装上了，谢谢啦

wbn

田小甜 发表于 2016-10-14 19:52
你好，请问你有这个软件的安装指南吗？可以发一份给我吗？

时间有点久我有点忘了怎么安装的了。你直接看主页上的quick start guide 就行，好像非常简单的。Linux下只需要一个c++编译器，make一下就可以了。Windows 下好像直接有可执行文件下载，不需要安装。

田小甜

wbn 发表于 2016-7-1 22:47
没问题。用这个软件  http://www.travis-analyzer.de/
首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效 ...

你好，请问你有这个软件的安装指南吗？可以发一份给我吗？

田小甜

浅原问问 发表于 2016-10-14 11:12
我是用amber跑完动力学得到轨迹文件后，用travis直接分析的轨迹文件。通过travis得到 .xyz, .plt, .cube, ...

哦哦，我也是用amber跑完动力学后，不知道怎么弄了，那我也试试用这个软件作图。
方便的话，加一下扣扣496138916.

浅原问问

田小甜 发表于 2016-10-14 10:57
还有，还有，你分析的时候是不是先用gromacs输出的cube文件，再用travis软件作图的

我是用amber跑完动力学得到轨迹文件后，用travis直接分析的轨迹文件。通过travis得到 .xyz, .plt, .cube,这三个文件，然后又用gopenmol软件加载.xyz和.plt文件，就得到成图了。

田小甜

浅原问问 发表于 2016-10-14 09:47
我是用travis这个软件做的哎，我也不清楚你这是怎么回事，你是用gromacs分析的吗？

还有，还有，你分析的时候是不是先用gromacs输出的cube文件，再用travis软件作图的

田小甜

浅原问问 发表于 2016-10-14 09:47
我是用travis这个软件做的哎，我也不清楚你这是怎么回事，你是用gromacs分析的吗？

对呀，用gromacs分析的时候，选择中心分子组都不知道怎么选

浅原问问

田小甜 发表于 2016-10-12 16:17
我按照网上做sdf的步骤，总是在第三步出错，就是下面移除中心分子转动和平动的一步。
3.        按中心分子对轨迹 ...

我是用travis这个软件做的哎，我也不清楚你这是怎么回事，你是用gromacs分析的吗？

田小甜

我按照网上做sdf的步骤，总是在第三步出错，就是下面移除中心分子转动和平动的一步。
3.        按中心分子对轨迹进行叠合, 移除中心分子的转动和平动
gmx_mpi trjconv -s md0.tpr -f md0_cnt.xtc -n sdf.ndx -o md0_cnt_fit.xtc -fit rot+trans
Select group for least squares fit时选择中心分子组, Select group for output时选择System组