Gromacs如何限制水分子都只能在一个圆柱中运动

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-6-30 19:24:44

Gromacs中如何定义一个分子的运动范围，特殊一点的像一个圆柱该如何定义。比如我的盒子大小为5nm*5nm*2nm的，我想让所有的水分子都在r=1.5nm（圆柱高度为2nm）的范围内运动，这种问题该如何设定

lao7 · 发表于 Post on 2020-11-18 12:37:01

圆柱不行，圆球应该没有问题

1900 · 发表于 Post on 2020-11-18 10:23:37

请问楼主，如果采用一个势，将超出的原子拉回来，那么我可以实现让这个圆柱随之某一个分子的质心运动么？？
我想实现的系统是：一个大分子，基本在圆柱内（超出圆柱会受到力的作用）；并且这个圆柱会随着分子的质心运动，但圆柱的半径不变；至于圆柱轴的方向，始终在z轴方向

mol · 发表于 Post on 2017-8-8 16:41:20

lz搞定了吗？

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-7-5 21:58:25

sobereva 发表于 2016-7-1 12:08
你可以试试利用pull定义，一旦超过圆柱范围就会受到往回拉的力，但这不是严格意义上的只在圆柱中运动（约束 ...

谢谢Sob老师。超出范围拉回来的确是个办法啊，还在研究中，感觉这和restraint方法本质是一样的，一个是力一个是势

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-7-5 21:52:42

tobeant 发表于 2016-7-1 11:28
要不试试NAMD，通过tcl定义力可以实现

谢谢回复，NAMD没有使用过不是太了解啊

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-1 12:08:52

你可以试试利用pull定义，一旦超过圆柱范围就会受到往回拉的力，但这不是严格意义上的只在圆柱中运动（约束）

tobeant · 发表于 Post on 2016-7-1 11:28:42

要不试试NAMD，通过tcl定义力可以实现

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-7-1 09:23:54

sobereva 发表于 2016-7-1 00:22
这个不改程序没法直接做到

谢谢Sob老师。我在manual中的4.3.2 Flat-bottomed position restraints节看到有这么一句话：Cylinder (g = 2): The particle is kept in a cylinder of given radius parallel to the z-axis. The force from the flat-bottomed potential acts towards the axis of the cylinder. The z-component of the force is zero.但是不清楚该如何实现，因为manual找不到。请问Sob老师这会不会是预留的功能目前还没有实现

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-1 00:22:00

这个不改程序没法直接做到

dark_cosmos · 发表于 Post on 2016-6-30 21:40:27

补充一下，建模时建成圆柱然后Restrain to a point不是希望的解决方法。我希望实现的是水分子可以在圆柱的范围内部自由移动，但是不能超出这个范围，不知道Gromacs能不能做到这一点

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