castep结构优化报错原子距离太近

lomon · 发表于 Post on 2023-4-14 19:34:19

如题，做的结构是水分子和一氧化碳分子吸附在银金铜三元合金上的结构，用castep跑结构优化还没开始就结束了，log里提示too close distance between atoms，已经尝试把吸附分子往上提，但是仍然报这个错，所以斗胆发帖请教吧里的前辈，这个问题应该怎么解决？随帖附上初试模型和log文件。

lomon · 发表于 Post on 2023-4-15 00:50:12

含光君发表于 2023-4-14 22:11
遇到问题自己先看报错信息，输出文件写的很清楚内存给多了。
另外边界原子删的也不对，显然xy平面相邻镜像 ...

谢谢您的回复。log我看了，除了内存不足的问题之外，主要的问题就是提示原子距离过近，您提到的xy平面相邻镜像不成键的问题我确实没注意到，光想着先删掉在边界上影响的原子了。您批评的对，我确实应该先研究一下再请教。

含光君 · 发表于 Post on 2023-4-14 22:11:12

遇到问题自己先看报错信息，输出文件写的很清楚内存给多了。
另外边界原子删的也不对，显然xy平面相邻镜像之间不成键。

lomon · 发表于 Post on 2023-4-14 21:37:38

新的初始结构和log

lomon · 发表于 Post on 2023-4-14 21:36:56

含光君发表于 2023-4-14 20:40
不会，移到盒子外边所有原子还是存在并且依然重合。应该直接删除重合的原子。

我重新做了盒子，但是还是提示有问题。新的结构和输出文件我放在下面

含光君 · 发表于 Post on 2023-4-14 20:40:13

不会，移到盒子外边所有原子还是存在并且依然重合。应该直接删除重合的原子。

lomon · 发表于 Post on 2023-4-14 20:27:32

含光君发表于 2023-4-14 20:16
检查PBC边界上的原子，比如这两个就完全重合了

谢谢您的回复。请问如果我把所有原子整体向左或者向右移动然后把边界上重合的原子移动到盒子外面可以吗？

含光君 · 发表于 Post on 2023-4-14 20:16:22

检查PBC边界上的原子，比如这两个就完全重合了

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