Amber 16计算输出的rst文件无法转化成pdb文件，crd文件无法被VMD读入

play900325 · 发表于 Post on 2016-7-2 04:14:44

各位老师好，
我目前正在尝试使用Amber 16进行计算。计算结束以后out文件显示计算正常结束。但是生成的rst文件无法通过ambpdb命令转化成pdb文件，计算生成的crd文件也不能够用VMD打开。我查看了rst文件和crd文件发现两个都无法用文件编辑器打开。同样的输入文件我在Amber 14里面跑了一遍，生成的结果文件都可读而且没有问题。查了一下amber 16手册没发现有提到需要对输出的坐标文件和轨迹文件进行格式转化。论坛上有建议说将crd文件转化成binpos文件，这个方法我也试了。生成的binpos文件依然不能用文件编辑器打开，也不能被VMD显示。不知道有没有老师可以帮忙看一下这个问题到底在哪里。谢谢！

PS：top文件和输入文件一同上传以供参考。

BJUTCDC · 发表于 Post on 2024-3-26 08:58:29

abdoman 发表于 2016-7-6 20:23
如果我没有猜错，你的rst文件应该是二进制。（默认的）
这样比较省硬盘空间，CDF 文件吧
先用cpptraj 读 ...

想问一下怎么把二进制的crd文件转换成能被vmd识别的轨迹文件？

尘劫 · 发表于 Post on 2021-10-7 12:06:29

我碰到这个问题Error: Could not read restart atoms/time.
使用楼主的方法可以，看来问题可能就是这个ambpdb不能转二进制码

茶茶 · 发表于 Post on 2019-2-13 19:35:08

楼主你好，我与你遇到了非常相似的问题，可是我在转成rst7时出现了一下报错信息：
Error: NetCDF spatial variables are '_', 'r', 'e', not 'x', 'y', 'z'
Error: Could not set up 'HIUHligandmin1.rst' for reading.
Error: Could not set up input trajectory 'HIUHligandmin1.rst'.
TIME: Total execution time: 0.3340 seconds.
Error: Error(s) occurred during execution.
请问楼主有出现过这样的情况么？如何解决呢？

kaliandaze · 发表于 Post on 2018-4-17 21:13:22

abdoman 发表于 2016-7-6 20:23
如果我没有猜错，你的rst文件应该是二进制。（默认的）
这样比较省硬盘空间，CDF 文件吧
先用cpptraj 读 ...

感谢，不过第二行指令，我用amber17,top文件的选项应该是-p，不是-i

heroooo · 发表于 Post on 2016-11-3 07:32:36

最近遇到相同的问题，在载入.mdcrd时，VMD中格式选择为NetCDF (AMBER, MMTK)就可以正常读取了

play900325 · 发表于 Post on 2016-7-11 21:58:16

abdoman 发表于 2016-7-6 20:23
如果我没有猜错，你的rst文件应该是二进制。（默认的）
这样比较省硬盘空间，CDF 文件吧
先用cpptraj 读 ...

转成功了！非常感谢～！

abdoman · 发表于 Post on 2016-7-6 20:23:24

如果我没有猜错，你的rst文件应该是二进制。（默认的）
这样比较省硬盘空间，CDF 文件吧
先用cpptraj 读取二进制文件，然后存成rst7.

用cpptraj -p xx.top -y xx.rst -x yyy.rst7
然后用ambpdb -i xx.top < yyy.rst7 > zzz.pdb

http://archive.ambermd.org/201311/0151.html

play900325 · 发表于 Post on 2016-7-5 21:13:20

先谢谢sob老师了！

sobereva · 发表于 Post on 2016-7-2 04:35:58

载入prmtop再载入binpos可以正常显示轨迹。mdcrd和rst是载入不了，貌似格式改了。

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[Amber] Amber 16计算输出的rst文件无法转化成pdb文件，crd文件无法被VMD读入

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