计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 867|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助:如何把分子构型分块

[复制链接 Copy URL]

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

如题。求教各位大佬,gromacs可以做到把一个gro文件或者pdb文件沿着某个轴,平分成多少份吗?如果可以是哪个命令呢?如果不可以应该如何实现那?感谢各位大佬指点。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

11#
发表于 Post on 2023-4-22 03:21:26 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2023-4-21 15:47
好的,谢谢老师,那这种情况的话,可以把VMD卸载掉然后重新安装吗?还是只要把VMD文件夹打包复制到其他盘 ...

删了重装
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

10#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-21 15:47:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-21 03:02
让脚本把文件输出到其它目录下,确保不会因为操作系统权限或安全设置问题导致不能创建文件

另外,强烈 ...

好的,谢谢老师,那这种情况的话,可以把VMD卸载掉然后重新安装吗?还是只要把VMD文件夹打包复制到其他盘然后把C盘的删掉就可以吗?

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

9#
发表于 Post on 2023-4-21 03:02:10 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2023-4-20 19:12
sob老师,我按照您的指点,vmd命令行上提示是成功了的,但是在我tcl所在的目录上为什么没有对应的$a.pdb ...

让脚本把文件输出到其它目录下,确保不会因为操作系统权限或安全设置问题导致不能创建文件

另外,强烈不建议把VMD装到默认目录下
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-20 19:12:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 sj12138 于 2023-4-20 19:13 编辑
sobereva 发表于 2023-4-20 04:28
atomselect接的选择语句里如果有空格必须把选择语句用双引号括起来

sob老师,我按照您的指点,vmd命令行上提示是成功了的,但是在我tcl所在的目录上为什么没有对应的$a.pdb文件那?是因为vmd在C盘的这个位置,需要管理员权限吗?
如果是的话应该怎么解决那?

1111.png (32.82 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

1111.png

dce0438b9dfe69f9c70f662aae61075.png (57.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 16)

dce0438b9dfe69f9c70f662aae61075.png

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2023-4-20 04:28:59 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2023-4-19 21:06
sob老师,我写了一个tcl脚本,想把一个pdb文件每3埃单独保存一个,脚本如下

for {set a 0} {$a $A and ...

atomselect接的选择语句里如果有空格必须把选择语句用双引号括起来
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-19 21:06:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-19 04:30
1 writepdb保存的是pdb格式

2 套个循环就完了

sob老师,我写了一个tcl脚本,想把一个pdb文件每3埃单独保存一个,脚本如下

for {set a 0} {$a <= 135} {incr a 3} {
set A [expr $a+1.88]
set sel [ atomselect top z>$A and z<[expr $A+3] ]
$sel writepdb a.pdb
}

然后source之后在主界面选择了File>Log Tcl Commands to Console

之后出现了如图的问题,但是并没有在VMD文件夹下正常输出,第一次用vmd的这个功能,这是什么问题那?是我脚本有问题吗?谢谢老师

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-19 13:06:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-19 04:30
1 writepdb保存的是pdb格式

2 套个循环就完了

明白了,谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2023-4-19 04:30:57 | 只看该作者 Only view this author
sj12138 发表于 2023-4-18 20:41
sob老师,我读了您的帖子http://sobereva.com/504
我想我理解的是否正确
1.可以通过

1 writepdb保存的是pdb格式

2 套个循环就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

81

帖子

0

威望

477

eV
积分
558

Level 4 (黑子)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-18 20:41:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-18 00:50
如果你是指平分后每个部分单独保存一个结构文件,gromacs没有这种功能。自己写个VMD tcl脚本实现那是很容易 ...

sob老师,我读了您的帖子http://sobereva.com/504
我想我理解的是否正确
1.可以通过
set sel [atomselect  top z<10 and z>0 ]
$sel writepdb 1.gro
将z方向0-10埃区域内的一层原子输出成一个gro文件。
2.如果我的gro文件有100埃,我是否可以设置变量i,j然后将z后的数字改成变量的形式,类似于shell脚本批量处理数据的形式将其一次性输出10个那?还是tcl脚本有更便捷的平分命令那?
谢谢老师

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125148

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-4-18 00:50:35 | 只看该作者 Only view this author
如果你是指平分后每个部分单独保存一个结构文件,gromacs没有这种功能。自己写个VMD tcl脚本实现那是很容易的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-23 00:46 , Processed in 0.175426 second(s), 24 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list