GROMACS可以进行分子对接吗？

WWWYYYQQQ · 发表于 Post on 2023-4-17 17:12:40

目前已经知道了蛋白质和DNA的结构，但是还不知道复合物的结构，所以想知道他们的结合位点，这个是利用分子对接的方法就可以知道，还是需要用别的方法？GROMACS可以进行分子对接吗？

WWWYYYQQQ · 发表于 Post on 2023-4-20 10:36:03

sobereva 发表于 2023-4-20 04:33
我都已经跟你说了能做生物大分子对接的程序，显然应当立马去google了解，干嘛非要盯着小分子对接

好的

WWWYYYQQQ · 发表于 Post on 2023-4-20 10:34:56

喵星大佬发表于 2023-4-20 00:34
如果你知道蛋白和核算结合的口袋，可以把你的核酸砍短，到5个左右的碱基
用一般的小分子/蛋白对接的软件 ...

好的老师，我试试，非常感谢您！

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-20 04:33:06

WWWYYYQQQ 发表于 2023-4-19 22:19
老师，我现在就是想预测一下DNA与蛋白质的结合位点，现在就是不知道蛋白质结合位点的序列，我看了好多分 ...

我都已经跟你说了能做生物大分子对接的程序，显然应当立马去google了解，干嘛非要盯着小分子对接

喵星大佬 · 发表于 Post on 2023-4-20 00:34:40

WWWYYYQQQ 发表于 2023-4-19 22:19
老师，我现在就是想预测一下DNA与蛋白质的结合位点，现在就是不知道蛋白质结合位点的序列，我看了好多分 ...

如果你知道蛋白和核算结合的口袋，可以把你的核酸砍短，到5个左右的碱基
用一般的小分子/蛋白对接的软件，比如Vina，都是可以做的
或者如果是一些比如G4之类的比较刚性的核酸结构也是可以用类似的方法
但是一般的核酸结构过于柔性，可旋转化学键太多，此类软件没有专门优化会计算量过大或者有限制(比如Autodock限制可旋转化学键32个以内，实际上由于其把每个二面角做了64等分，可以产生64^32个构象，这还不算平移和欧拉角转动)，导致搜索的不够仔细而产生不可靠的结果

WWWYYYQQQ · 发表于 Post on 2023-4-19 22:19:00

sobereva 发表于 2023-4-18 00:41
有很多对接程序直接可以做生物大分子对接，诸如hexdock、HADDOCK等。用对接完了得到的复合物再用GROMACS跑M ...

老师，我现在就是想预测一下DNA与蛋白质的结合位点，现在就是不知道蛋白质结合位点的序列，我看了好多分子对接软件，都是知道蛋白质的几个关键氨基酸然后再进行对接，而且都是小分子化合物。想请教一下老师，这个问题有解决办法吗？

WWWYYYQQQ · 发表于 Post on 2023-4-18 09:28:17

t675210552 发表于 2023-4-17 21:08
没听说过gromacs可以进行分子对接，有gmx insert-molecules可以在体系中插入小分子，但是是在指定位置插入

非常感谢

WWWYYYQQQ · 发表于 Post on 2023-4-18 09:27:44

sobereva 发表于 2023-4-18 00:41
有很多对接程序直接可以做生物大分子对接，诸如hexdock、HADDOCK等。用对接完了得到的复合物再用GROMACS跑M ...

好的，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-18 00:41:01

有很多对接程序直接可以做生物大分子对接，诸如hexdock、HADDOCK等。用对接完了得到的复合物再用GROMACS跑MD是常规做法
靠insert-molecules随机插入，然后直接用MD也不是不可以跑，但靠MD跑到最理想结合方式可能需要的时间尺度极长

t675210552 · 发表于 Post on 2023-4-17 21:08:31

没听说过gromacs可以进行分子对接，有gmx insert-molecules可以在体系中插入小分子，但是是在指定位置插入

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