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[综合交流] 用aNCI法研究弱相互作用时,力场用的联合原子模型,如何设置元素?

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楼主
各位老师好,

我在做的苯酚在乙醇溶液中的体系,其中乙醇用的TraPPE-UA联合原子力场模型,想用aNCI分析法研究苯酚-乙醇间弱相互作用

想请问对于联合原子力场模型,如甲基基团如何设置元素名

谢谢各位老师解答

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发表于 Post on 2023-4-20 04:36:08 | 只看该作者 Only view this author
高处裹棉被 发表于 2023-4-20 01:10
谢谢sob老师解答,这样的意思就是联合原子模型下全选所有原子,但如甲基基团的元素直接设置为碳元素?随 ...

用联合原子非常尴尬,无论设什么元素原理上都不合理,只能瞎凑合,并且假定联合原子对形成氢键的部分没什么影响。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-20 01:10:54 | 只看该作者 Only view this author

谢谢sob老师解答,这样的意思就是联合原子模型下全选所有原子,但如甲基基团的元素直接设置为碳元素?随后aNCI只关注氢键部分是吗

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发表于 Post on 2023-4-19 04:29:20 | 只看该作者 Only view this author
高处裹棉被 发表于 2023-4-18 20:28
谢谢sob老师回答

如果在联合原子力场下用aNCI只关注氢键部分的话,意味着我获得xyz轨迹文件时只用VMD ...

全都选
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-18 20:28:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-18 17:31
全原子力场模型不可能原理上不能描述超临界环境,只不过是具体参数问题而已。倘若都没测试过GAFF+RESP2(0 ...

谢谢sob老师回答

如果在联合原子力场下用aNCI只关注氢键部分的话,意味着我获得xyz轨迹文件时只用VMD选取苯酚分子+乙醇羟基上的氧原子和氢原子,并保存为xyz文件即可?

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发表于 Post on 2023-4-18 17:31:06 | 只看该作者 Only view this author
高处裹棉被 发表于 2023-4-18 15:59
谢谢sob老师解答,因为模拟环境在超临界条件下,可能用GAFF力场无法精准描述,这样的话是只能放弃aNCI了 ...

全原子力场模型不可能原理上不能描述超临界环境,只不过是具体参数问题而已。倘若都没测试过GAFF+RESP2(0.5)电荷,不要先咬定不能描述
另外,由于能形成氢键的氢在联合原子力场下照样被描述,用aNCI如果只关注氢键部分倒也可以。
用空间分布函数之类虽然可以,按提供不了aNCI才能提供的信息。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-18 15:59:22 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 高处裹棉被 于 2023-4-18 16:23 编辑
sobereva 发表于 2023-4-18 15:33
Multiwfn做aNCI分析必须用全原子力场,下文的例子也一律都是如此
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过 ...

谢谢sob老师解答,因为模拟环境在超临界条件下,可能用GAFF力场无法精准描述,这样的话是只能放弃aNCI了,想请问这种条件下还有别的分子间弱相互作用的分析方法能尝试吗?比如空间分布函数?

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发表于 Post on 2023-4-18 15:33:45 | 只看该作者 Only view this author
Multiwfn做aNCI分析必须用全原子力场,下文的例子也一律都是如此
使用Multiwfn做aNCI分析图形化考察动态过程中的蛋白-配体间的相互作用
http://sobereva.com/591http://bbs.keinsci.com/thread-21826-1-1.html
使用Multiwfn研究分子动力学中的弱相互作用
http://sobereva.com/186

对乙醇毫无必要用TraPPE-UA,直接用sobtop(http://sobereva.com/soft/Sobtop)创建基于GAFF的乙醇的拓扑文件多好
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