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[综合交流] 求助关于计算一个笼内分子旋转能垒的计算问题

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老师好,请问应该怎样计算一个笼子中分子的旋转能垒呀。就类似于计算C24笼中的PO4(图一)的旋转能垒。怎样输入才能让PO4绕固定轴旋转呀。看了sob老师的详谈使用Gaussian做势能面扫描 - 思想家公社的门口:量子化学·分子模拟·二次元 (sobereva.com)这个帖子后,也没有看懂。谢谢老师!
图一



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-20 19:06:39 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-20 18:25
你的图中是PH4不是PO4

单纯对于找过渡态的问题,你可以用下文的genmer给你随机产生一批PO4在笼里处于各 ...

是PH4
好的老师!谢谢您!

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发表于 Post on 2023-4-20 18:25:12 | 只看该作者 Only view this author
你的图中是PH4不是PO4

单纯对于找过渡态的问题,你可以用下文的genmer给你随机产生一批PO4在笼里处于各个朝向的初始结构,然后用Gaussian做opt=TS的方式批量搜索过渡态,总能有几个能给你优化到过渡态去,之后再跑IRC,得到与之相连的复合物极小点结构,再优化极小点,然后算势垒就完了
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-20 17:33:34 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-4-20 16:07
但凡说某篇文章没看懂,一定要详细指出哪几句话没有看懂,不然别人没法指导你。
你这么想,假如你单是说你 ...

不好意思老师!您说了之后我又仔细去读了这篇博文,看完之后之前不理解的地方就理解了,我现在正在尝试重复博文上的作法。如果还有问题,再仔细的描述来问您!谢谢老师!

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发表于 Post on 2023-4-20 16:07:02 | 只看该作者 Only view this author
但凡说某篇文章没看懂,一定要详细指出哪几句话没有看懂,不然别人没法指导你。
你这么想,假如你单是说你没有看懂,什么额外信息也不给,别人就能把你讲懂,那sob老师为什么不一开始就把这些讲的内容写到博文里去?sob老师之所以博文没有写得比现在更详细,就是因为读者必须给出具体的反馈,他才能做更详细的补充。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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