Multiwfn读取pdb计算vdW时元素类型错误的bug

zyyyzh · 发表于 Post on 2023-4-22 17:15:29

本帖最后由 zyyyzh 于 2023-4-22 17:15 编辑

近期在使用Multiwfn生成蛋白质和小分子之间vdW相互作用的分析过程中发现输出的cub文件中会出现Nd（Z=60）原子，对照输入的pdb文件中内容后发现大概率是存在一个元素类型读取的bug，详细描述如下：pdb文件中HIS residue咪唑环上两个N原子按标准命名分别为ND1，NE1。其在正常质子化状态（不带电荷情况）下能够被Multiwfn正常识别为N原子（pdb附件中 ATOM 994等）；
若由于氢键（或其他原因）导致HIS咪唑环上两个N原子均被质子化，则此时ND1会在pdb文件中被标为带1个正电荷（pdb附件中ATOM 579 ATOM 8413），
在这种带电情况下Multiwfn输出的vdW.cub文件的原子类型部分对应原子序号显示为60 （文件第585，8419行）。
刚刚将Multiwfn更新到3.8(dev) 2023-April-17版本也并未解决此问题。

文件较大，网盘链接：https://pan.baidu.com/s/1iP4MzIYcUIK9YWytUYrtvw 提取码：lm9w

蛋白pdb文件名：target_docked_with_H.pdb
输出vdW cub文件名：vdW.cub
小分子sdf文件名：ligand_docked_with_H.sdf (本例中不重要)

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-25 00:36:08

zyyyzh 发表于 2023-4-24 14:12
2023-Apr-24版本似乎未解决该问题，pdb转为xyz再读取即正常

2023-Apr-24版Multiwfn完全不存在这个问题，所有元素都识别的是正确的

zyyyzh · 发表于 Post on 2023-4-24 14:12:41

sobereva 发表于 2023-4-22 18:37
更新Multiwfn可解决

2023-Apr-24版本似乎未解决该问题，pdb转为xyz再读取即正常

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-22 18:37:12

更新Multiwfn可解决

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