请问如何建立非标准残基的pdb文件？

bingzan · 发表于 Post on 2023-4-24 16:21:41

本帖最后由 bingzan 于 2023-4-25 16:29 编辑

各位老师好，

我有个短肽序列YPVEPF，末尾进行化学修饰YPVEPF-Cys-”BODIPY“-Gly。其中Cys-”BODIPY“化学式如图，可以将这个组分看成非标准残基CYB。
请问要怎么构建含有该非标准残基的多肽pdb文件？补充：
我试了gview之后，保存pdb/mol2文件，用vmd看，是正常的。但是当手动给pdb文件加上残基名称THR、GLU等，再载入vmd看，就发现很多地方都是断键的，请问是什么原因造成加残基名称前后发生断键呢？以及怎么解决呢？我补充好了力场文件后，直接对这个断键的pdb进行了pdb2gmx和grompp，都成功了，但是能量最小化出来的gro文件显示断的七零八落。

谢谢。

bingzan · 发表于 Post on 2023-4-26 15:31:41

sobereva 发表于 2023-4-26 02:51
谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/threa ...

谢谢老师，参照博文成功了！

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-26 02:51:49

bingzan 发表于 2023-4-25 15:12
谢谢老师，我试了，但是发现gview里面明明连接正确的原子，保存pdb后，添加残基，用vmd看，很多地方都是 ...

谈谈VMD可视化程序的连接关系的判断和设置问题
http://sobereva.com/534（http://bbs.keinsci.com/thread-16396-1-1.html）

bingzan · 发表于 Post on 2023-4-25 15:12:45

本帖最后由 bingzan 于 2023-4-25 16:01 编辑

sobereva 发表于 2023-4-24 20:36
自己在gview里画就完了
如果接上去那一段本来就有三维结构，可以在gview里将之复制到剪切板里，片段观察窗 ...

谢谢老师，我试了，但是发现gview里面明明连接正确的原子，保存pdb后，添加残基，用vmd看，很多地方都是断键的，请问是什么原因呢？

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-24 20:36:29

自己在gview里画就完了
如果接上去那一段本来就有三维结构，可以在gview里将之复制到剪切板里，片段观察窗口里把要连接上去的原子点成热原子，建模窗口里点一下残基上要接上去的位点就接上去了，极其简单

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