关于GROMACS模拟醇萃取硼酸的疑问

tym1999 · 发表于 Post on 2023-4-27 09:18:33

本帖最后由 tym1999 于 2023-4-27 09:17 编辑

使用gromacs模拟醇萃取硼酸的过程，采用ATB分子库，获得了各个分子的pdb和itp文件（已给出），之后模拟了20ns,模拟正常结束且已平衡。采用VMD进行查看，发现模拟并没有体现萃取效果，即硼酸基本还是在水里（如图1所示）。猜测可能是分子力场的问题，所以之后又换用了另一个力场：采用Sobtop参数完全基于GAFF的方法，产生了gro和itp文件（已给出），然后用于模拟30ns,模拟正常结束，仍然采用VMD进行查看，发现模拟依然没有体现萃取效果（如图2所示）。
所以想问下，这种模拟正常结束但是没有体现萃取效果的，是因为力场文件使用不当的原因还是因为gromacs本就无法体现硼酸的萃取效果啊？

zdworld · 发表于 Post on 2023-4-27 14:46:35

动力学不能体现化学反应。

tym1999 · 发表于 Post on 2023-4-27 12:29:37

但是老师，硼酸好像不是极性分子，极性也会很强吗？萃取机理感觉像是硼酸与醇会发生类似酯化的络合反应，但是动力学模拟结果不知道为什么体现不出来萃取效果

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-27 11:21:22

本来就没理由能萃取得出来
硼酸极性这么强，明显更亲水

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