计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1134|回复 Reply: 8
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Linux] Linux系统安装Gaussian软件时的.bashrc文件命令写入问题

[复制链接 Copy URL]

9

帖子

0

威望

179

eV
积分
188

Level 3 能力者

各位老师,同学
      本人最近参考sob老师的博文http://sobereva.com/444,购入一台双路 EPYC 7R32 96核服务器,进行Gaussian软件安装,安装步骤遵循http://sobereva.com/439博文内容(应用该方法,本人在北鲲云等超算平台进行软件安装并计算,该安装方法确实简便)。在.bashrc文件中添加环境变量等命令行后,运行chmod 750 -R *命令安装完成。输入计算命令进行尝试,显示g16:未找到命令,我已反复尝试了一天仍未解决问题,图片中是我在.bashrc文件中添加的命令行,请各位朋友帮忙看看问题出在什么地方了,不胜感激。

微信图片_20230426231617.jpg (733.81 KB, 下载次数 Times of downloads: 34)

微信图片_20230426231617.jpg

微信图片_20230426231623.jpg (698.32 KB, 下载次数 Times of downloads: 28)

微信图片_20230426231623.jpg

微信图片_20230426231627.jpg (262.26 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

微信图片_20230426231627.jpg

微信图片_20230426231631.jpg (675.24 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

微信图片_20230426231631.jpg

无标题.png (76.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 31)

无标题.png

9

帖子

0

威望

179

eV
积分
188

Level 3 能力者

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-28 16:24:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-28 11:55
强烈不建议用source ~/.bashrc代替重新进入shell,因为这种做法可能会导致有的变量被累加定义,不“干净” ...

谢谢sob老师,受教了。

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112354

管理员

公社社长

8#
发表于 Post on 2023-4-28 11:55:06 | 只看该作者 Only view this author
强烈不建议用source ~/.bashrc代替重新进入shell,因为这种做法可能会导致有的变量被累加定义,不“干净”和“优雅”
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112354

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2023-4-28 11:54:24 | 只看该作者 Only view this author
S.C.zx 发表于 2023-4-27 23:18
你好,sob老师,我的问题已解决,按照博文http://sobereva.com/439上的方法完全没问题。我昨天遇到 ...

写到.bashrc里不就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

9

帖子

0

威望

179

eV
积分
188

Level 3 能力者

6#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-27 23:19:35 | 只看该作者 Only view this author

谢谢你,我使用了source ~/.bashrc立刻加载修改后的设置,确实有效。

9

帖子

0

威望

179

eV
积分
188

Level 3 能力者

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-27 23:18:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-4-26 23:24
确保改完后重新进入了shell,否则.bashrc里新添加的内容不生效

如果已经这么做了,手动运行添加到.bashr ...

      你好,sob老师,我的问题已解决,按照博文http://sobereva.com/439上的方法完全没问题。我昨天遇到的困难 可能是修改完成后未重新进入shell,.bashrc里新添加的内容未生效,我今天修改完.bashrc文件后,使用了source ~/.bashrc命令。另外,我把Gaussian移动了文件夹,重新进行了环境变量配置,也许昨天写的路径也不对。总之,谢谢您的回复。
       另外,安装后遇到提示Error: illegal instruction , illegal opcode,并按照您博文中的方法,在运行Gaussian前通过命令定义环境变量:export PGI_FASTMATH_CPU=sandybridge解决,每次计算任务提交前都需要定义环境变量,还是只定义一次?

9

帖子

0

威望

179

eV
积分
188

Level 3 能力者

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-4-27 23:01:40 | 只看该作者 Only view this author
谢谢你,我使用了source ~/.bashrc立刻加载修改后的设置,确实有效。

13

帖子

0

威望

1136

eV
积分
1149

Level 4 (黑子)

3#
发表于 Post on 2023-4-27 10:59:25 | 只看该作者 Only view this author
source ~/.bashrc

5万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
112354

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2023-4-26 23:24:11 | 只看该作者 Only view this author
确保改完后重新进入了shell,否则.bashrc里新添加的内容不生效

如果已经这么做了,手动运行添加到.bashrc里的那些命令看有什么提示、运行后能否用g16命令

PS:以后手机拍照的图,应恰当剪切并且保存到合适文件大小后再上传,以免浪费服务器空间。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入“北京科音”微信公众号获取北京科音培训的最新消息、避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气非常高、专业性特别强的综合性理论与计算化学交流QQ群“思想家公社QQ群”:1号:18616395,2号:466017436,3号:764390338,搜索群号能搜到哪个说明目前哪个能加,合计9000人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2024-11-23 23:50 , Processed in 0.186741 second(s), 25 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list