主体pdb文件中具有两个完全相同的链，如何分别计算各个链与配体之间的作用力(氢键等)

sd6512066

我在构建体系的时候在盒子中心放置了两条淀粉链和多个配体物质，配体物质有编号但是淀粉链是共享同一个pdb文件，而且里面的残基名称都是相同的，请问我应该如何计算链与链之间以及每条链和配体之间的相互作用力呢？（如氢键）

sd6512066

zdworld 发表于 2023-5-4 16:35
纤维素是吧，链id应该在22列，
ATOM     23  HO6 GLC 1   2       3.282  -1.094   3.720  0.00  0.00   ...

我加入了链名称后利用pdb2gmx生成gro文件，但这个时候产生的top文件信息跟原来不同了，反而多了A链B链的topol.itp文件,请问要如何解决才能像原来那样只有一个top文件呢

sd6512066

zdworld 发表于 2023-5-4 16:35
纤维素是吧，链id应该在22列，
ATOM     23  HO6 GLC 1   2       3.282  -1.094   3.720  0.00  0.00   ...

非常感谢！

sd6512066

sobereva 发表于 2023-5-4 16:40
注意pdb格式是固定格式，列别弄错了。随便去RCSB上找个蛋白质的标准pdb文件对照便知

感谢sob老师百忙中抽空解答问题！非常感谢！

sobereva

sd6512066 发表于 2023-5-4 16:29
您好，感谢您的回复，但是我刚入门没多久想请问具体是在哪里加呢？下面是我pdb文件的前几行，请老师指教 ...

注意pdb格式是固定格式，列别弄错了。随便去RCSB上找个蛋白质的标准pdb文件对照便知

zdworld

sd6512066 发表于 2023-5-4 16:29
您好，感谢您的回复，但是我刚入门没多久想请问具体是在哪里加呢？下面是我pdb文件的前几行，请老师指教 ...

纤维素是吧，链id应该在22列，
ATOM     23  HO6 GLC 1   2       3.282  -1.094   3.720  0.00  0.00      M0   H  
ATOM     24  C1  GLC 1   2       0.377  -0.056   9.083  1.00  0.00      M0   C  
ATOM     25  O1  GLC 1   2       0.463  -0.732  10.300  1.00  0.00      M0   O  
ATOM     26  H1  GLC 1   2       0.560   0.896   9.201  1.00  0.00      M0   H  
ATOM     27  C5  GLC 1   2      -1.190   0.458   7.382  1.00  0.00      M0   C  
ATOM     28  H5  GLC 1   2      -0.953   1.391   7.547  1.00  0.00      M0   H  
ATOM     29  O5  GLC 1   2      -0.937  -0.273   8.588  1.00  0.00      M0   O  
ATOM     30  C2  GLC 1   2       1.366  -0.691   8.104  1.00  0.00      M0   C  
ATOM     31  H2  GLC 1   2       1.176  -1.647   8.005  1.00  0.00      M0   H  
ATOM     32  O2  GLC 1   2       2.677  -0.498   8.599  1.00  0.00      M0   O  

26列的2是残基序号，22列的1就是链名称了，你看看你的pdb里有没有区别，pdb2gmx的时候应该会提示。

sd6512066

zdworld 发表于 2023-5-4 16:04
pdb里加上链id就可以在make_ndx里选择了

您好，感谢您的回复，但是我刚入门没多久想请问具体是在哪里加呢？下面是我pdb文件的前几行，请老师指教！
REMARK   Accelrys Discovery Studio PDB file
REMARK   Created:  2019-08-02T12:49:06Z
COMPND    UNNAMED
AUTHOR    GENERATED BY OPEN BABEL 2.3.90
CRYST1   12.718   12.062   79.747  90.00  90.00  90.00 P 1         1
ATOM      1  OG  GLC     1      -2.831  -1.929  59.991  1.00  0.00           O  
ATOM      2  CG1 GLC     1      -3.211  -1.649  58.657  1.00  0.00           C  
ATOM      3  HG1 GLC     1      -4.240  -1.802  58.552  1.00  0.00           H  
ATOM      4  OH1 GLC     1      -2.510  -2.482  57.745  1.00  0.00           O  
ATOM      5  CG5 GLC     1      -1.422  -1.767  60.243  1.00  0.00           C  
ATOM      6  HG5 GLC     1      -0.887  -2.400  59.602  1.00  0.00           H  
ATOM      7  CA6 GLC     1      -1.184  -2.206  61.673  1.00  0.00           C

zdworld

pdb里加上链id就可以在make_ndx里选择了