求助：蛋白-多肽动力学模拟后使用rms计算RMSD的第0帧距离不是0怎么解决？

wangjy9722 · 发表于 Post on 2023-5-9 11:28:47

本帖最后由 wangjy9722 于 2023-5-9 22:43 编辑

我在进行蛋白-多肽动力学模拟的后，使用下面的代码对轨迹文件进行处理，然后对处理后的文件进行RMSD计算，代码如下：
gmx trjconv -f protein_md.xtc -o protein_md_nojump.xtc -pbc nojump -dt 50
echo 1 1 | gmx rms -f protein_md_nojump.xtc -s protein_md.tpr -o rmsd-all-atom-vs-start.xvg
得到的RMSD结果如图所示，第0帧不是从0开始，而是直接从2.几开始。
补充信息：我进行了多个不同多肽-蛋白的模拟，过程所有的处理以及参数均一致，计算RMSD的结果部分是正常的：即曲线是从0开始，也有部分的是不正常的（如上述）

wangjy9722 · 发表于 Post on 2023-5-11 22:38:04

sobereva 发表于 2023-5-9 22:44
这叫命令，不叫代码

尝试对没用-pbc nojump的计算RMSD看什么情况。也可以用VMD计算RMSD曲线

谢谢社长

sobereva · 发表于 Post on 2023-5-9 22:44:00

这叫命令，不叫代码

尝试对没用-pbc nojump的计算RMSD看什么情况。也可以用VMD计算RMSD曲线

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